Папа Иннокентий III, ловкий политик, решил предотвратить опасность. Он попытался разорвать унию имперской и сицилийской корон, созданную в правление Генриха VI. Папа поддержал Фридриха в Германии в его борьбе против императора Оттона IV, но заставил его пообещать, что как только он станет императором, то оставит королевство Сицилию своему сыну. Иннокентий III умер в 1216 г., и Фридрих, став императором, так и не покинул Сицилию.
Итак, Святой Престол с севера и юга окружали имперские владения. Папа попытался занять Фридриха II крестовым походом. Венгерский король Андрей II и Иоанн де Бриенн в 1219 г. захватили Дамьетту, надеясь с помощью Фридриха добраться до Каира. Но император, невзирая на то что принял крест, так и не прибыл на Восток, и христиане потерпели поражение. Вскоре Фридрих получил императорскую корону из рук Папы Гонория 111 и снова пообещал отправиться в крестовый поход. Немного спустя, в 1225 г. он женился на Изабелле, дочери Иоанна де Бриенна, Иерусалимской принцессе. Таким образом, интересы императора были соблюдены. Но все равно Фридрих не спешил на Восток, и новый Папа, Григорий IX, отлучил его от церкви. И только тогда он решился отбыть на Святую землю.
Однако вместо того, чтобы сражаться с врагами. Фридрих договорился с ними: он с сарацинами понимали друг друга лучше, чем с христианами. Султан Египта, воевавший с одним из своих братьев, уступил Фридриху Иерусалим по договору, подписанному 18 февраля 1229 г. Этим договором, помимо всего прочего, вводилось десятилетнее перемирие в Палестине. Узнав, что в его Неаполитанском королевстве началось восстание, Фридрих вернулся в Италию и в 1230 г. заключил с Папой мир.
Сын Фридриха, принц Генрих, поднял в Германии мятеж против отца. Но сторонники бросили его, и Генрих попал в плен к Фридриху, который победил миланцев и Ломбардскую лигу в битве при Кортенуова и собирался захватить всю Италию. Сардинию он отдал своему внебрачному сыну Анцио. Расценив сей поступок как недопустимый вызов, Папа Григорий IX 20 марта 1239 г. отлучил императора от Церкви.
Людовик Святой позволил французским епископам огласить отлучение в церквях своего королевства. Он также разрешил Папе начать во Франции сбор денег на крестовый поход против Фридриха, но сам не стал участвовать в нем и отказался от императорской короны, которую понтифик предложил его брату Роберу. Но Фридрих, чья супруга Изабелла скончалась, только что снова женился – на сестре короля Генриха III Английского, перейдя, таким образом, в лагерь врагов короля Франции.
Владея большей частью Италии, Фридрих II намеревался захватить Рим и, как говорили, присвоить себе теократическую власть. Когда его предали анафеме, он апеллировал к церковному Собору. Папа объявил, что готов созвать Собор. Тогда император прибег к уверткам; он заявил, что не признает Собор, поскольку Папа является его врагом; и одновременно он соглашался заключить перемирие, но только не с Ломбардской лигой.
Тем не менее Папа в августе 1240 г. созвал христианских прелатов на Собор. Фридрих стал препятствовать его созыву. Он контролировал Италию, а флот под командованием его сына Анцио задерживал корабли, везущие на Собор епископов. Французские и английские прелаты, добравшиеся до Марселя, не нашли ни судов, ни экипажа, дабы плыть дальше. Папа созвал их в Геную, чьи горожане были его сторонниками. Но флот Анцио 3 мая 1241 г. разбил генуэзскую эскадру. В бою погибло несколько епископов, а большая их часть попала в плен.
Фридрих готовился идти на Рим. Он написал римскому сенату, что идет заключать мир с Папой и намерен возглавить крестовый поход на татар. Английскому королю 18 мая 1241 г. он представил свою победу как Божий суд. «Знайте, – пишет он ему, – что Господь, восседающий на своем престоле и судящий по справедливости, с нами, и Ему угодно, чтобы мир управлялся не только духовенством, но имперской властью и духовенством».
Людовик Святой тут же потребовал освободить французских епископов, коих Фридрих держал узниками в своих итальянских замках. Император ответил, что эти люди прибыли осудить его, – следовательно, они его враги и по праву взяты под стражу. Людовик Святой написал во второй раз, тоном, не допускающим возражений:
«Мы всегда полагали, что империя и наше королевство составляют единое целое, и поддерживали с вами дружеские отношения, подобно предшественникам. Мы никоим образом вас не провоцировали и даже отказали легатам в материальной помощи, которую те просили для борьбы с вами. Так что пусть Ваше императорское величество хорошо уяснит то, что мы собираемся ему сказать: удовлетворите [наши требования], ибо королевство Франция не настолько ослабло, чтобы пасть под вашей пятой».