В отношениях с Папами король отнюдь не был послушным сыном Церкви и руководствовался политическими соображениями. Но в одном он сделал большую уступку Риму: он согласился на введение во Франции папской инквизиции. Инквизиция католической церкви была создана по решению одного из Соборов еще в конце XII в. для расследования дел о ереси и ее искоренения. Тогда этим занимались особые комиссии при епископах, которые рвения не проявляли и к суровым наказаниям не прибегали. Но в начале XIII в. по Европе стала быстро распространяться ересь катаров, которая достигла наибольших успехов на юге Франции, в Лангедоке, где получила название альбигойской (по городу Альби, главному центру еретиков). Явно враждебная Католической Церкви, эта ересь вынудила Рим принять самые энергичные меры: с согласия французского короля Филиппа II Августа был объявлен крестовый поход, в котором приняли участие главным образом северофранцузские феодалы. Он положил начало так называемым Альбигойским войнам (1209-1229 гг.), последние эпизоды которых приходятся на время правления Людовика IX. Антикоролевское движение в Лангедоке в 1240-1242 гг., которое возглавил Тулузский граф Раймонд VII, было напрямую связано с этими войнами, благодаря которым французская монархия наложила свою тяжелую руку на эту ранее независимую от нее область. Кстати, последний оплот альбигойцев, крепость Монсегюр, был взят только в 1244 г. после десятимесячной осады.
Одновременно Рим стал всячески активизировать деятельность инквизиции, которая в 1227 г. была окончательно изъята из рук епископов и передана недавно возникшему Ордену доминиканцев. Если раньше церковь исходила из того, что она в борьбе с ересью не может прибегать к насилию, а должна использовать лишь силу убеждения, то теперь ее взгляд на это коренным образом изменился. Инквизиционные трибуналы получили право применять пытки при расследовании дел и присуждать упорствующих в ереси или совершающих рецидив ереси к казни через сожжение. Формально, правда, такие приговоры выносились и приводились в исполнение не самим церковным судом. Церковное судопроизводство, в том числе инквизиционное, всегда придерживалось правила ни за какие преступления не выносить смертных приговоров, ибо Церковь не может позволить себе пролитие крови. От закоренелых еретиков Церковь отрекалась и передавала их в руки светского правосудия, которое выносило смертный приговор и приводило его в исполнение. Поэтому инквизиция нуждалась в поддержке светской власти. Кстати, только светская власть могла обеспечить и охрану инквизиторов, ибо случаи их убийства, по вполне понятным причинам, были не редки. Однако на введение папской инквизиции было необходимо согласие короля, и короли Англии и Швеции, например, отказались допустить ее в свои государства.
Можно легко понять, почему Людовик IX с Бланкой Кастильской ввели папскую инквизицию в 1233 г., если принять во внимание их чрезвычайную набожность и верность католицизму, а также и то, что южная часть их королевства оказалась наиболее «инфицированной» ересью. Они, конечно, не могли предвидеть, какими страшными гекатомбами будет сопровождаться деятельность папского инквизитора. Им был назначен доминиканец брат Роберт Малый, который сам был некогда катаром, за что получил прозвище Бугр, то есть болгарин. Этот этноним был в то время синонимом еретика, потому что ересь катаров пошла в Европу из Болгарии. Вернувшись в лоно Католической Церкви, Роберт Бугр, во искупление прежних грехов, проявил такую рьяность в деле истребления еретиков, что в конце концов его сместили и посадили в тюрьму как человека явно ненормального. Свою деятельность он начал в Лангедоке, а затем переместился в Шампань, Пикардию и Фландрию. В 1239 г. по его приговору в Шампани, в местечке Монт-Эме, однажды сразу было сожжено 183 человека. И как писал хронист Муске, Роберт Бугр «действовал по воле короля», и его «сопровождали королевские сержанты». Что думал по этому поводу Людовик IX, который несомненно знал о результатах действий инквизитора? Ни один из авторов воспоминаний о нем ничего об этом не сообщает. Может быть, по его настоянию Роберт Бугр, как персона слишком одиозная, был смещен, но против инквизиции как таковой король ничего не имел против, и она все шире разворачивала свою деятельность во Франции. Во второй половине его правления доминиканцы имели инквизиционные трибуналы во многих городах, особенно на юге страны, и все они подчинялись главному инквизитору Франции. О том, как они действовали, и об отношении к ним можно судить по тому, что членам одного из южных трибуналов однажды ночью была устроена засада и всех их перерезали.