Людовик XI вмешался и в дела Савойи под предлогом другого династического спора, и с тем же желанием навязать свой арбитраж и, возможно, приобрести новые земли. Людовик Савойский выпустил власть из рук, и та перешла в руки его жены Анны Лузиньянской и клики ее киприотских советников, все более наглых и многочисленных. Филипп де Бресс, сын герцога и брат французской королевы Шарлотты, резко выступил против них, обвиняя их в заговоре с целью подготовить аннексию Савойи французским королевством. Он отправился за помощью в Женеву, где ходили слухи о французском вторжении. Людовик Савойский в октябре 1462 года приехал в Лион, чтобы встретиться с королем и молить его о покровительстве. Тот громко заявил, что не строит никаких планов аннексии, но запретил французским купцам посещать женевские ярмарки. Затем он нарочито примирился со своим шурином Филиппом де Брессом, выдал ему охранную грамоту, но уже в следующем, 1463 году заманил его в ловушку во Вьерзон; там люди короля схватили его и заточили в замок Лош, где он пробыл три года. Французская партия победила в Шамбери, и герцогство Савойское, куда дофин Людовик столько раз посылал своих эмиссаров, осталось в полной зависимости от него.
Хотя за пределами королевства голос короля звучал властно, ему пришлось столкнуться с серьезным внутренним кризисом, о котором упоминают все авторы того времени, даже бывшие в фаворе: одни называют это народным недовольством, другие — отказом принцев подчиниться королевской власти. Всего через несколько лет после восшествия на престол король был вынужден бросить все свои войска на борьбу с фрондой, которая заявляла об общественном благе и о желании реформировать государство, то есть, как всегда бывает в случаях, когда говорят о реформах и судьбе народа, установить свой контроль над раздачей должностей. Лига общественного блага во многом напоминала Прагерию, отстоящую от нее на четверть века. Людовику, главному действующему лицу мятежа 1440 года, теперь, при почти схожих обстоятельствах, противостоял его юный брат Карл. У Людовика не было сына, и наследником престола считался Карл, которого их отец сделал герцогом Беррийским. Возможно, именно опасаясь переворота, который провозгласил бы его брата королем, Людовик и поспешил «с великою силой» в Реймс в 1461 году, чтобы короноваться. Ничего подобного не случилось. Карл присутствовал при коронации и при торжественном вступлении в Париж, находясь в тени старшего брата. Этого, впрочем, ему было мало; он потребовал власти и денег. Разумеется, его обхаживали враги короля, честолюбцы и недовольные, зная о его слабом месте — о том, что он всегда готов ввязаться в авантюру. «Карл... во всех делах шел на поводу у других, хотя ему уже исполнилось двадцать пять лет». Ему было легко найти себе союзников.
Несколько месяцев Людовик XI оставался очень близок с Бургундским домом. Зимой 1461/62 года, в Туре, он сделал Карла, графа де Шароле, своим наместником в Нормандии с неплохим пенсионом в тридцать шесть тысяч франков в год. Разрыв наступил двумя годами позже, когда король захотел вернуть себе власть над городами на Сомме, уступленными герцогу Бургундскому в 1435 году по Аррасскому договору. Карл VII пообещал тогда покарать убийц Иоанна Бесстрашного в Монтеро, известных или еще не установленных, вызвав пересуды о том, что часть ответственности лежит и на нем. Чтобы загладить впечатление от этого преступления, он подарил Филиппу Доброму несколько городов и областей, в частности, «все города, крепости, земли и поместья, принадлежащие французской короне по обоим берегам реки Соммы, как то: Сен-Кантен, Корби, Амьен, Абвиль и прочие; все графство Понтье, по ту и эту сторону Соммы». Однако французский король мог выкупить эти земли за четыреста тысяч экю «старого золота, по 63 марки Труа, по восьми унций в марке, и с добротой в 23 карата, или иными золотыми монетами той же стоимости». Людовик XI так и поступил 20 августа 1463 года по стратегическим соображениям, чтобы как можно дальше отвести от Иль-де-Франс границу владений герцога Бургундского и, как многие полагали, чтобы стереть воспоминание о тяжком унижении в Аррасе и о бесславном прошлом.