С началом 2-й мировой войны произведена очередная реорганизация Г.ш. (главной составляющей которой было выделение из его состава отдела боевой подготовки). В результате основной аппарат Г.ш. стал разделяться на 7 отделов (2-й, 4-й и 6-й отделы были объединены, как и раньше, под руководством генерал-квартирмейстера):
• Abt. I (F"uhrung) – Оперативный отдел;
• Abt. II (Organisation) – Организационный отдел;
• Abt. III (Taktik) – Тактический отдел;
• Abt. IV (Quartiermeister) – Квартирмейстерский отдел;
• Abt. V (Fremde Staaten) – Иностранных государств (разведка);
• Abt. VI (R"ustung) – Отдел вооружений;
• Abt. VIII (Kriegsgeschichte) – Военно-исторический отдел.
1.6.1943 на базе оперативного отдела сформирован Оперативный штаб Г.ш. (Luftwaffenf"uhrungsstab). В ходе войны роль Г.ш. в составе ОКЛ постепенно усиливалась, и наконец в ходе реорганизации 15.8.1944 его структура приняла следующий вид:
1) начальник Г.ш. (Chef des Generalstabes der Luftwaffe), в непосредственном подчинении которого находились Оперативный штаб ВВС (Luftwaffenf"uhrungsstab), Академия ВВС (Luftkriegsakademie) и военные курсы вспомогательного руководящего состава (Kriegslehrg"ange f"ur F"uhrungsgehilfen);
2) генерал-квартирмейстер (Generalquartiermeister), в подчинении которого находились:
– 2-й (организационный) отдел,
– 4-й (квартирмейстерский) отдел,
– 6-й (вооружений) отдел,
– шеф службы снабжения (Chef des Nachschubwesens),
– шеф транспортной службы люфтваффе (Chef Kraftfahrzeugwesen der Luftwaffe),
– шеф санитарной службы (Chef des Sanit"atswesens),
– главный инженер люфтваффе (Chefingenieur der Luftwaffe),
– отдел наземных сооружений люфтваффе (Abteilung Luftwaffenbodenorganisation),
– шеф службы воздушных коммуникаций (Chef Verbindungsflugwesen),
– генерал морской службы люфтваффе (General des Seewesens der Luftwaffe);
3) генеральный руководитель связи ВВС (Generalnachrichtenf"uhrer der Luftwaffe), которому подчинялись:
– начальник штаба (Chef des Stabes),
– исполнительный отдел (Abteilung Einsatz),
– 2-й отдел – эксплуатационный (Nachrichtenbetrieb),
– 3-й отдел – радиоразведки (Funkaufkl"arung),
– 4-й отдел – организационный (Organisation),
– 5-й отдел – технического обеспечения средств связи (Nachrichtenger"at),
– 6-й отдел – технического обеспечения средств обнаружения воздушных целей (Funkmessger"at).
Генерал-квартирмейстеры: генерал авиации Ганс Георг фон Зейдель (16.4. 1938—30.6.1944); генерал-лейтенант Дитрих фон Кригерн (1.7.1944—8.5.1945).
Начальники Оперативного отдела (с 1.6.1943 шефы Оперативного штаба): майор Пауль Дейхман (1.8.1936—30.9.1937); генерал-майор Бернгард Кюль (1.7.1937—31.1.1938); генерал-майор Ганс Ешоннек (1.2.1938—31.1.1939); генерал-лейтенант Отто Хоффман фон Вальдау (1.2.1939—10.4.1942); генерал-лейтенант Рудольф Мейстер (10.3.1942—3.9.1943); генерал-лейтенант Карл Коллер (4.9.1943—31.8. 1944); генерал-майор Эккард Кристиан (1.9.1944—22.4.1945); генерал-майор Карл Генрих Шульц (23.4–6.5.1945).
Начальники 2-го отдела (организационного, с 1.2.1939 – мобилизации и планирования): полковник Эгон Дёрстлинг (1.1.1935—30.9.1937); полковник Йозеф Каммхубер (1.2.1938—31.1.1939); подполковник Герман Плохер (1.2.1939—4.1. 1940); генерал-майор Вольфганг Эрдман (12.1.1940—31.3.1943); генерал-майор Гюнтер Виланд (1.4—31.5.1944).
Начальник службы связи люфтваффе (c 10.3.1944 – генерал войск связи люфтваффе): генерал войск связи Вольфганг Мартини (1.2.1938—8.5.1945).
Начальник санитарной службы ВВС: генерал-обер-штабс-арцт д-р Эрих Хиппке (1.1.1938—31.1.1939); генерал-обер-штабс-арцт д-р Оскар Шрёдер (1.4.1944—8.5. 1945).