Капитан Доджсон погиб в мятежной Ирландии в декабре 1803 года. Коллингвуд так рассказывает об этом. Один из предводителей ирландских «бунтовщиков» дал знать, что готов сдаться англичанам, если капитан Доджсон под покровом ночи лично явится за ним. Капитан был мужественным человеком; он понимал всю опасность сделанного ему предложения, но принял вызов — отправился на встречу, предварительно написав жене прощальное письмо. В ночь на 16 декабря в сопровождении нескольких драгунов он подъехал к назначенному месту — ветхой хижине в миле от Филипстауна в графстве Кингс. Как было условлено, он оставил своих людей в нескольких сотнях ярдов от хижины и направился к ней один. Из окна хижины раздался выстрел, и Доджсон упал. Драгуны бросились к своему капитану — он был мертв. Была ли это случайность, ошибка или коварный замысел, осталось неизвестным. В семье сохранилось предание о том, что в роковую ночь жена капитана, находившаяся вдали от места трагедии, услышала два выстрела и подняла слуг. Слуги обыскали окрестности, однако вокруг всё было тихо. Позже пришло известие, что муж ее был убит в этот час.
Кит Райт опубликовал завещание капитана, судя по всему, написанное непосредственно перед тем, как он отправился на роковую встречу. Оно было утверждено в Лондоне 9 февраля 1804 года и дает яркое представление о «Чарлзе Доджсоне, эсквайре» (так он подписался под ним):
«Филипстаун, 15 <декабря>, 1803.
Если меня постигнет несчастье, нередкое и вполне вероятное в обстоятельствах настоящего времени, равно как и во все времена человеческой жизни, оставляю эти страницы в качестве моего последнего завещания. Душу мою предаю в руки моего милосердного Создателя и смиренно прошу Его простить мне мои прегрешения и уповаю, что… (неразборчиво.
Я молю ее простить мне те недостатки, которые она, возможно, видела в моем отношении к ней, и принять мою самую горячую благодарность за ее неизменную любовь, ее преданность жены, матери моих детей и друга, — ее безупречность во всех этих качествах составляла счастье моей жизни с того самого дня, когда был освящен наш брак».
Капитан обращается к своим детям — старший из них, Чарлз (отец будущего писателя), появился на свет в 1800 году, за три года до трагедии; рождения второго ждали со дня на день, — просит простить ему скромность тех средств, которые он им оставляет, поручает их заботам мать и шлет им свое благословение. Он благодарит поименно своих родных и родственников жены и заключает: «Я прощаю всех своих врагов, коли таковые найдутся, и если мне суждено пасть от руки какого-то бедняги, обманутого или введенного в заблуждение, что не редкость в этой стране, я прощаю ему мою смерть и молю о его прощении Всевышнего, под защиту которого отдаю всех моих друзей и родных, моих детей и ту, кого я благословлю и о ком вознесу молитву в свой последний час, мою возлюбленную и драгоценную супругу, смиренно уповая на то, что по избавлении от бренного тела мы встретимся в бесконечном блаженстве вечной жизни, даруемой нам Иисусом Христом, нашим благословенным Спасителем и Искупителем, который умер за нас и чьей милостью мы спасаемся. Молю моего глубокоуважаемого друга мистера Хьюма позаботиться о том, чтобы всё, о чем я пишу здесь касательно моего достояния, было исполнено с наименьшим беспокойством для моей дорогой супруги».
Через две недели после гибели капитана его вдова родила второго ребенка, которому дали имя Хассард.
Старший сын капитана Доджсона, Чарлз, учился в Вестминстерской школе, а по ее окончании — в Оксфорде. Он проводил дома не так много времени, однако семейная обстановка, очевидно, способствовала тому, что он решил последовать примеру деда, посвятив себя служению церкви.