Открытие мутаций, внезапно возникающих наследственных признаков, нисколько не изменяло такой механистической трактовки законов наследственности и изменчивости, а сам Де-Фриз, как известно, считал, что каждое растение (и всякий организм) очень долгие промежутки времени пребывает с неизменными наследственными данными, даже и целые тысячелетия, а потом начинается возникновение мутаций (новых видов, по Де-Фризу). Мутационный период длится недолго, но дает массу новых наследственно-самостоятельных и уже неизменяющихся форм — то, что Иогансен назвал «чистыми линиями». Успехи микроскопической техники, позволившие осуществлять непосредственно генетический анализ, содействовали убеждению многих генетиков (начиная от Вейсмана — особенно Моргана и «морганистов»), что в морфологических структурах хромосом — разгадка всех закономерностей наследования. «Чистая линия» оказалась уточненной как неизменная, совершенно определенная материальная структура, и только ее отдельные «геномы» (комплексы ген) и «локусы» (участки хромосом), механически перемещаясь и перераспределяясь в процессах полового воспроизведения, дают пеструю картину форменных различий. Подсчеты Иогансена как бы наблюдались в микроскоп, и наносились на карту хромосом для различных растений и животных. Мутации Де-Фриза также изучались подробнейшим образом на плодовой мушке дрозофиле, и их проявления и причины точно устанавливались прямыми наблюдениями в изменениях хромосомного набора. Но вот в опытах Мёллера возникают искусственно вызванные им мутации у дрозофил. «Наследственно-неизменяемое» оказалось низведенным из области метафизических понятий на землю. Но кто может поручиться, какие еще иные воздействия внешней среды с помощью и без содействия человека вызывают изменение наследственной структуры организма и в какие сроки это происходит? Очевидно, не только воздействие рентгеновых лучей вызывает мутации. «Замкнутые и не зависимые от внешнего воздействия наследственные системы» оказались мифом. «Чистые линии» сам Иогансен вынужден был признать только как «генеалогический (родословный) термин». Снова во всей остроте возник, запутываясь в сложный узел, вопрос о наследственных и приобретенных признаках — о генотипе и фенотипе. Если генотип изменчив, то не представляет ли он собою сгусток фенотипа? Уже выяснено, что гену не обязательно соответствует определенный признак; установлено, что один и тот же ген совершенно по-разному проявляется в резко различных условиях климата, почвы и т. п. Микроскоп с точностью и очевидностью констатирует неустойчивость генотипа, но с помощью только микроскопа нельзя увидеть процесса изменений, скачка от фенотипа к генотипу и обратно. Понятно, ни дарвиновской «временной теорией гемул», ни опытами, подобными Каммереровским с саламандрой, нельзя доказать или объяснить наследование приобретенных признаков, как и, ссылаясь на генетико-цитологический анализ, отвергнуть воздействие фенотипических явлений на генотип, так как нельзя увидеть степень, характер и формы этого влияния. Но если генотип изменяется под внешним воздействием, то, очевидно, оно осуществляется через фенотип. Путь к раскрытию этой сложнейшей проблемы только в теории Дарвина, объяснение, подкрепляемое беспощадной к теориям практикой, дает методология диалектического материализма. Материя — неуничтожаема. Ее проявления мы воспринимаем через формы движения. Движение, как бы мало и слабо оно ни было, в какой-то мере и воздействует на окружающее.
Нельзя допустить, не отказываясь от материалистической диалектики, что внешние воздействия среды на организм остаются для его индивидуальной и видовой жизни бесследными. Они могут быть малы или велики, влияют сильно или слабо, «взрывают» наследственную структуру или только расшатывают в различной степени, но всегда фенотип и генотип — это единство формы и содержания. Следовательно, изменчивость и наследственность нельзя разделить и обособить даже теоретически. Сумма внешних воздействий на генотип выражается фенотипом. Он может быть очень неодинаковым в различных условиях среды, пределы его изменений, адаптации (приспособлений), пластичность организма зависят от генотипа, сложившегося и изменяющегося на протяжении существования видовой жизни и проявляющегося различными своими сторонами в различных условиях среды. Разнообразие форм проявления изменчивости в различной среде — материал для естественного отбора. В таком направлении разрешается проблема наследственности и изменчивости в свете методологии диалектического материализма, в полном соответствии с фактами. От Дарвина, через замкнутый круг теоретических спекуляций, обогащенная огромными достижениями современной генетики (генетического анализа), проблема наследственности, разъясненная с помощью материалистической диалектики, возвращается к дарвинизму.