Скоро саксонские князья спохватились. Филипп Гессенский, Георг Саксонский, Генрих фон Брауншвейг, Альбрехт и Эрнст Мансфельдские каждый на своих землях дали крестьянам несколько сражений, в результате которых силы последних значительно уменьшились. В конце концов восьмитысячная крестьянская армия собралась под Франкенхаузеном и стала готовиться к решительному бою. Внимательно следившие за передвижениями крестьянских отрядов князья также начали стягивать силы воедино. Мюнцер понял, что наступил решающий миг — крестьянская армия против объединенного княжеского войска! Он примчался в лагерь восставших и здесь узнал, что идет обсуждение недавно полученных мирных предложений. Ни за что! Никаких переговоров! Бог не простит нам этого, увещевал Мюнцер повстанцев. Эти слуги сатаны, эти узурпаторы власти и защитники лютеранства должны быть уничтожены. Графам Мансфельдским он направил исполненное презрения письмо, в котором говорилось: «Разве ты не знаешь, что Бог приказал всем птицам небесным клевать княжескую плоть, а всем диким зверям — питаться княжеским мясом? Одумайся и обратись, пока не поздно! Приходи к нам, и мы примем тебя, как простого брата». Вручив это послание княжеским эмиссарам, Мюнцер выпустил их из своего лагеря, оставив лишь одного молодого рыцаря, которого велел казнить. Разумеется, после этого ни о каком мире ни одна из сторон уже не могла и мечтать.
Завидев издали вражеское войско, Мюнцер выстроил крестьян за частоколом и произнес речь: «С нами Господь! Раньше земля и небо поменяются местами, чем Он покинет нас! Сейчас Бог сотворит для вас чудо. Они будут стрелять, но я своим рукавом отмету от вас все пули». Все утро в тот день шел дождь. Но вот тучи раздвинулись, проглянуло солнце, и над землей раскинулась огромная радуга. Это знак победы, ликовал Мюнцер. Княжеское войско пришло в движение. Крестьяне затянули гимн Святому Духу и принялись ожидать чуда. В это время грянул пушечный залп, и жалкое подобие оборонительных сооружений мюнцеровского воинства разлетелось в щепки. С изумлением крестьяне обнаружили, что кое-кто из их собратьев остался лежать на земле. А на них, потрясая мечами, уже неслись конные рыцари. Началось паническое отступление. Несколько часов спустя пять тысяч трупов убитых крестьян усеяли поле; остальным удалось разбежаться.
Рыцари окружили деревню Франкенхаузен, выволокли из домов три сотни прятавшихся крестьян и казнили их на месте. На чердаке одного дома слуга некоего рыцаря обнаружил лежащего в постели мужчину. «Я болен», — жаловался он. Мужчину обыскали, и последние сомнения рассеялись. Это был Мюнцер. Его переправили в Гельдрунген и устроили над ним суд. «Я хотел, — говорил он судьям, — добиться установления равенства в христианском мире. Те князья, которые выступали против, должны были умереть». Под пыткой его заставили выдать имена своих ближайших друзей, а затем приговорили к смерти. Вскоре рыцари отбили и Мюльхаузен, где вместе с Мюнцером казнили всех его сподвижников. Так завершилась в Саксонии Крестьянская война.
Лютер, верный своей привычке выносить оценки любым событиям, узнав о чудесной победе своих покровителей и трагической кончине своего врага, опубликовал книжицу под названием «Ужасная судьба Томаса Мюнцера». В казни Мюнцера он видел прежде всего поражение анабаптистов и уверял читателей, что сам Бог покарал этих еретиков за пропаганду ложного учения. «Несчастные сектанты, где теперь ваши речи, с помощью которых вы прельщали и увлекали за собой глупый народ? Где Мюнцеров рукав, которым он собирался отгонять пули? Где тот Бог, который устами Мюнцера предрек его армии победу? Безумцам, не желающим внимать Слову Божьему, достались на долю бичи и пушечные ядра, как тому и следует быть».
Рыцари выиграли свою битву, однако в народе авторитет Реформации сильно пошатнулся. Действительно, Лютер открыто выступил на стороне угнетателей. Он попытался оправдаться. Когда один из членов городского совета Мансфельда Рюгель выразил удивление в связи с тем, что уже после победы Лютер продолжал настаивать на самых жестоких мерах наказания для побежденных, тот отвечал, что в души крестьян вселился дьявол, а потому их следовало перебить как бешеных собак. Впрочем, любую критику в свой адрес он неизменно воспринимал как происки сатаны, о чем и писал Амсдорфу: «Они назвали меня княжеским прихлебателем! Я знаю, то сатана святотатствует против меня и моего Евангелия! Пусть его, пусть себе брешет».