Поскольку в Швейцарии, как и в Германии, гонениями и на католиков, и на протестантов занимались представители власти, решение религиозных проблем не могло не коснуться сферы политики. В Швейцарии события разворачивались особенно стремительно именно в силу того обстоятельства, что отдельные ее кантоны не подчинялись единой верховной власти. В 1527 году Цюрих, Базель и Берн заключили между собой альянс, к которому впоследствии присоединились и другие, менее крупные кантоны. Аналогичный союз при поддержке Фердинанда Австрийского образовали в 1529 году и прокатолически настроенные кантоны. Его подписание состоялось в Валезе. Уверенные в своих силах цвинглиане изгнали аббата знаменитого монастыря Сен-Галлен, основанного в VII веке швейцарским апостолом. Этого католики вынести уже не могли и перешли в наступление. Решающая битва разыгралась в Каппеле, близ Цюриха, 11 октября 1531 года. Протестанты потерпели сокрушительное поражение, а сам Цвингли пал на поле боя.
Его гибель не оставила Лютера равнодушным. «Вот чем закончилась слава, которой искали богохульствующие цвинглиане! Она обернулась позором!» Рассуждая о трагической судьбе Цвингли, он не мог не вспомнить анабаптистов: «На наших глазах Божий суд в первый раз покарал Мюнцера, а во второй — Цвингли. Не я ли предрекал, что Господь не потерпит столь нечестивого святотатства? Что ж, они получили то, к чему стремились!»
Дабы рассеять любые сомнения в умах своих сторонников, в марте 1528 года виттенбергский наставник опубликовал «Исповедь Мартина Лютера о святом причастии». Этот текст представляет собой подробное изложение лютеранского символа веры. Большая его часть посвящена борьбе с ересью внутри самого лютеранского учения. Мимоходом автор останавливается на божественной сущности Богородицы и непорочности зачатия Иисуса Христа, рожденного «без участия греха от Святой Девы Марии и Духа Святого». Христос, утверждает в этом сочинении Лютер, есть «единственный истинный Сын Господа и Девы Марии».
Здесь же он еще раз напоминает об отсутствии у человека свободы воли: «Мы — слепые пленники греха и дьявола, который побуждает нас мыслить и действовать в угоду себе». По-прежнему отрицает он пользу конкретных дел. Христианская любовь, пишет Лютер, «заключается в том, чтобы приходить на помощь всем страждущим, напитать алчущих, напоить жаждущих, простить своих врагов, молиться за всех людей и претерпеть тысячу земных страданий. Все это — добрые дела, чистые и святые, однако не они ведут к спасению. Единственный путь к нему — вера в Иисуса Христа».
Таким образом, в книге, написанной против Цвингли, Лютер вновь нападает на католичество. Он отрицает власть папы, по сравнению с которым бледнеют турецкий султан и все еретики вместе взятые, отрицает таинство покаяния и таинство брака, протестует против индульгенций, отрицает существование чистилища, отрицает культ святых и институт священничества. Мессу он называет «гнуснейшей из мерзостей». «Самые страшные мои грехи состоят в том, что я был святым монахом и на протяжении 15 лет, служа мессу, каждый раз оскорблял, гневил и причинял страдания моему возлюбленному Господу!» Он настоятельно рекомендует монахам бросать свои монастыри и «вступать в истинно христианские ордена», порвав с монашескими обетами. «В первые времена существования Церкви целибат действительно был похвальным явлением, но сегодня он превратился в гнусное преступление. Сегодня соблюдение безбрачия означает отрицание благодати Иисуса Христа». В заключение у него прорывается опасение. Что, если и его одолеют внутренние сомнения, не подвластные его воле, и он горько пожалеет о том, что покинул лоно прежней Церкви? «Если искус и страх смерти когда-либо заставят меня держать иные речи, пусть считается, что я ничего не говорил».
Даже в Виттенберге разнообразные отклонения от основного учения приняли характер массового явления. Даже Меланхтон, о котором в 1523 году Лютер говорил: «Я доверяю Филиппу ровно столько же, сколько себе самому», по целому ряду вопросов разошелся с учителем. Впрочем, он, не имевший собственного глубоко выстраданного учения и нередко менявший убеждения в зависимости от хода событий, всегда побаивался Лютера и при жизни наставника не спешил афишировать свои взгляды. Тем не менее в 1526 году он писал своему близкому другу Камерарию, что в Виттенберге нет ни одного человека, с которым Лютера объединяло бы полное единодушие. Меланхтон всегда считал, что Лютеру свойственно во всем хватать через край и неуступчивость его позиции в вопросах догматики наносит урон движению Реформации. «Меланхтон, — писал Деллинген, — видел свою задачу в корректировке тех утверждений Лютера, которые казались ему явным перегибом».