Он написал обоим князьям, но ни от одного не дождался ответа. Примирить своего соседа с зятем сумел Филипп Гессенский. Хищники просто поделили добычу. Иоганну-Фридриху досталась западная часть с городом Вюрценом, а Морицу — восточная, более значительная, с городом Мейсеном, его готическим собором и могилами саксонских князей. Захватчики не церемонились на завоеванных землях, грабя и опустошая церкви и монастыри, оскверняя святыни и изгоняя монахов. Виттенбергские реформаторы могли ликовать. Отныне во всей Саксонии не осталось ни одного католического епископства, ни одного католического монастыря.
Теперь они помышляли о том, как распространить свое могущество дальше, за Рейн. Казалось, все говорило в их пользу, однако сбыться их планам было не суждено. В 1541 году, том самом, когда состоялся «половинчатый» рейхстаг, придавший смелости князьям-протестантам и способствовавший падению последних саксонских епископств, примкнувший к лютеранам Германн фон Вид, архиепископ Кельнский и князь-курфюрст империи, призвал к себе Буцера и поручил ему заняться организацией новой Церкви на своих землях. В Виттенберге эта акция встретила восторженное одобрение. «Кельн, — писал Лютер герцогу Прусскому, — принял Евангелие». Кельн славился обилием монастырей, из-за чего его часто называли новым Римом, и потому завоевание этого города обретало символическое значение. Но и ответная реакция оказалась весьма бурной. С яростным протестом выступили муниципальный совет и кафедральный капитул, резкое неодобрение продемонстрировало городское население. В противоборство с Буцером вступили самые знаменитые проповедники, в том числе иезуит Пьер Каниций. Лютеранам пришлось посылать на помощь Буцеру Меланхтона, который, впрочем, не отважился появляться в Кельне и предпочел остановиться в Бонне. Совместно с Буцером он сочинил труд под названием «Кельнская Реформация».
Мог ли курфюрст, лишившийся войска, рассчитывать на укрепление своей власти силами шмалькальденской группировки? Нет, об этом не могло уже идти и речи. Филипп Гессенский заключил с императором сделку, исключавшую любые его действия к западу от Гессенского княжества. Мориц Саксонский все теснее сходился с Карлом V, противником Иоганна-Фридриха. Из союза он вышел и теперь помогал императору бить французов, снискав на полях сражений громкую воинскую славу.
18 сентября 1544 года в Крепи Карл V и Франциск I подписали мир, по условиям которого король Франции отказался от всех прав на итальянские, испанские и немецкие земли и обязался в союзе с императором выступить против турок. Теперь Карл V освободился и мог вплотную заняться внутренними проблемами империи. Прибыв в Кельн, он сделал строгое внушение Германну, но на большее не осмелился, поскольку перебежчик все еще носил официальный титул архиепископа, а в глазах остальных князей оставался курфюрстом. 9 октября 1545 года городской совет и капитул обратились с ходатайством в Рим, но прошло долгих полгода, прежде чем папа Павел III, дипломат и противник скорых решений, сказал свое слово. Лишь 16 апреля 1546 года вышел указ о низложении Германна фон Вида и его отлучении от Церкви. На его место назначили ревностного католика Адольфа фон Шаумбурга. Кельн остался в лоне католической Церкви. Кельнские викарные епископаты Мюнстер, Оснабрюк и Мюнден последовали примеру метрополии. Лютер этой победы папизма уже не увидел: он скончался двумя месяцами раньше.
Зато он успел насладиться падением Генриха Брауншвейгского. Низложенный герцог с отчаянием наблюдал, как его бывшие владения превращаются в арену грабежей, разбоя и притеснений. Он предпринял попытку отвоевать их, принял бой от объединенного войска Филиппа и Иоганна-Фридриха, потерпел поражение и сам попал в плен. Ландграф, в первый и, пожалуй, последний раз в жизни оправдав свое прозвище Великодушного, потребовал освобождения побежденного соперника, но тут в дело вмешался Лютер. Просить свободы для «этого злодея и опасного прислужника римского идола» означало, по его мнению, посягать на Евангелие и волю Господню, которая столь «ярко проявилась в этой войне, вдохновляемой ангелами».