С предложением основать университет в Виттенберге выступил брат курфюрста Эрнст Саксонский, архиепископ Магдебургский. Ничем не примечательный городок, раскинувшийся на берегах Эльбы, Виттенберг отстоял далеко от всех более или менее значительных центров культуры («на задворках цивилизации», как впоследствии определял его местоположение Лютер). От Эрфурта его отделяли 150 км, от Эйзенаха — 200, от Майнингена — 220, зато граница с Бранденбургом проходила почти рядом. Этот район считался отсталым и в экономическом, и в культурном отношении, однако имел важное политическое значение, поскольку служил резиденцией курфюрста. Поначалу Фридрих встретил предложение брата громким хохотом, однако архиепископ привел в его защиту целый ряд аргументов политического и экономического характера. Действительно, в соседнем Магдебурге — старинном и густонаселенном городе, известном своей торговлей и занимавшем среди государств Центральной, Восточной и Северной Германии ключевые позиции, поскольку здесь сходились транспортные пути, связывавшие Саксонию с Гамбургом и портами Северного моря, своего университета не имелось. Поэтому Виттенберг, расположенный в непосредственной близости от владений князя-архиепископа, несомненно, привлек бы внимание жителей Магдебурга, не говоря уже об остальном населении курфюршества Саксонского. Сюда бы съехались представители монашеских орденов со своими профессорами, и город, а вместе с ним и резиденция курфюрста засияли бы новым блеском. В конце концов оба суверена пришли к согласию, и уже в 1502 году в Виттенберге поднялись стены первых университетских построек.
Ректором университета курфюрст назначил своего личного врача Мартина Поллиха, уроженца Мельрихштадта, гуманиста, страстно увлеченного древнеримской поэзией. Поллих, в свою очередь, постарался привлечь в Виттенберг выдающихся профессоров, которые составили бы славу нового учебного заведения. Преподавать философию пригласили Николаса Амсдорфа, право — Штехлина, Шерла, Шурфа и Фоланда. Поскольку в городке имелся монастырь августинцев строгого устава, то возглавить кафедру богословия предложили одному из членов этого ордена. Им оказался Иоганн фон Штаупиц, получивший степень доктора в 1500 году. В помощники к нему определили еще одного августинца, Венцеслава Линка, настоятеля монастыря (свою докторскую степень он получил уже в 1511 году), а также Андреаса Боденштейна, предпочитавшего называть себя Карлштадтом — по имени города, в котором он родился.
Итак, Мартин Лютер поступил на факультет богословия. Традиционный университетский курс, который предстояло пройти студенту-богослову, строился по единой строгой схеме, одинаковой для всех учреждений подобного рода. Образцом в данном случае служил Парижский университет со своим уставом, разработанным Робером де Курсоном в 1215 году. На факультет принимали студентов, имеющих степень магистра искусств (мы помним, что Лютер получил ее в 1505 году). Далее следовали три ступени обучения, по завершении каждой из которых будущему богослову присваивалась одна из трех степеней бакалавра: biblicus или tamquam ad Biblia (способный комментировать Священное Писание; как видно, изучение Библии считалось отправным пунктом теологического образования); sententiarius (способный комментировать книгу богослова XII века Пьера Ломбара «Сентенции», на самом деле представлявшую собой сборник текстов, написанных Отцами Церкви); formatus (достигший высот в применении различных методов преподавания). Затем, как и на факультете искусств, бакалавр переходил на следующую ступень обучения, в результате чего становился сначала лиценциатом, а затем и магистром. Таким образом, чтобы добиться права преподавать в университете, богослов сам должен был проучиться не меньше восьми лет. Существовал и возрастной ценз: теоретически к университетской кафедре не допускались лица моложе 34 лет. Как легко догадаться, в действительности эти строгие установления нарушались сплошь и рядом.