Вскоре он получил диплом бакалавра второй ступени — sententiaire — и намеревался продолжить свое богословское образование и дальше. Но руководители его рассудили иначе. В Эрфуртском университете не оказалось подходящего специалиста для разбора со студентами богословского факультета «Сентенций». В Виттенберге же недостатка в ученых теологах не ощущалось, потому что в тамошнем университете преподавали августинцы. И Мартин получил приказание перебираться в Эрфурт. Здесь его встретили весьма прохладно. По правилам бакалавр получал право самостоятельно вести курс только после того, как в торжественной обстановке прочитает перед университетской аудиторией свою вводную лекцию. Августинцы довольно строго следили за соблюдением этого правила, и потому вокруг кандидатуры Лютера разгорелась жаркая полемика. В конце концов молодому бакалавру второй ступени все-таки дали позволение вести курс.
Последствия расставания со Штаупицем могли оказаться для Мартина катастрофическими, ведь он только-только начинал осознавать свое заблуждение и соглашаться, пока хотя бы умом, с объяснениями своего старшего коллеги. Впрочем, они ведь разлучались не навсегда: Штаупиц регулярно наведывался в Эрфурт. Самое же важное заключалось в том, что для молодого профессора наступила пора самоутверждения. С одной стороны, посвящая достаточно времени ученикам, он волей-неволей отвлекался бы от внутренних своих проблем, с другой — самостоятельность и независимость от духовника открывали перед ним прекрасную возможность убедить наконец самого себя в справедливости тех истин, которые он проповедовал другим. Не имея досуга для ставшего ему привычным самокопания, он получал шанс проникнуться идеями, которые сам же провозглашал внимательным слушателям, постичь их как нечто самоочевидное. Таким образом, отсутствие стороннего авторитета могло, пожалуй, сыграть благотворную роль.
Новоиспеченный толкователь «Сентенций» с жаром окунулся в новую для себя деятельность. Ни один из разбираемых авторов не уберегся от его суровой критики. Он громил Аристотеля, высмеивал его логику, развенчивал схоластиков и настойчиво подчеркивал противоречия средневековых мудрецов. Всем этим мыслителям он противопоставлял теперь
Отцов — основателей Церкви времен первохристианства, уже забыв, что всего несколько месяцев тому назад их авторитет не значил для него ровным счетом ничего. Он принялся изучать сочинения св. Августина, затем в поисках аргументов для спора с философами обратился к Священному Писанию, в частности к Посланию святого апостола Павла к Римлянам. Он охотно принимал участие во внутримонастырских диспутах. Так, преподобного Вимфелинга, осмелившегося заявить, что св. Августин плохо знал условия жизни монахов-отшельников, назвавших его именем свой орден, он публично назвал «безмозглым болтуном».
Только-только он начал входить во вкус новой работы, как его от нее оторвали. Причиной послужила распря, разгоревшаяся в конгрегации августинцев. Иоганн фон Штаупиц выступил с предложением подчинить своей власти все саксонские монастыри, входящие в орден св. Августина, но не считающие себя последователями строгого устава. Часть монахов поддержала его, полагая, что подобная мера будет способствовать оживлению религиозного усердия и единству братства. Другая часть высказалась резко против, утверждая, что эта авантюра принесет конгрегации только бремя новых забот, не обогатив ее ни одним убежденным сторонником реформы.
Против предложения Штаупица выступили семь монастырей, в том числе и Эрфуртский. Лютеру выпало блеснуть красноречием, поскольку защищать точку зрения общины перед церковными властями поручили им с Натхином. Следует отметить, что в ту пору в монастыре его ценили не слишком высоко: у монахов еще свежи были воспоминания о вечно насупленном брате Мартине до его отъезда в Виттенберг. Да и потом, когда он вернулся назад, ему доверили вести курс, хотя формально он не имел на это никакого права. Наконец, все считали его занудой. Так, Ольдекоп утверждает, что «в спорах он до последнего держался своей точки зрения, не слушая собеседника».
Зато теперь это его качество могло очень пригодиться в наметившемся конфликте. Переживал ли Лютер по поводу того, что оказался втянут в него на стороне противников своего любимого Штаупица? Или, напротив, поспешил воспользоваться этим обстоятельством, чтобы доказать себе, что окончательно достиг духовной независимости? Действительно, он сам теперь учил других и больше не нуждался в руководителе. Вполне вероятно поэтому, что он согласился на это задание с целью продемонстрировать своему бывшему наставнику, что отныне он сам себе голова.