Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Другая важная тема, возникающая из сравнительного анализа геномов, – это вопрос о взаимоотношениях между вкладами архей и бактерий в происхождение специфичных для эукариот функциональных систем, и особенно о смешанном архейно-бактериальном происхождении некоторых из этих систем. В принципе существует два типа родственных связей между функциональными системами эукариот и прокариот (см. табл. 7–2):

1. Эукариотические системы, возникшие из гомологичных и функционально аналогичных систем прокариот.

2. Эукариотические системы, возникшие путем сборки из компонентов, которые у прокариот вовлечены в функционально иные, часто разные процессы, иногда вместе с дополнительными белками, которые, по-видимому, специфичны для эукариот.

Таблица 7–2. Предполагаемое происхождение некоторых ключевых функциональных систем и молекулярных аппаратов эукариот.

Многие из систем типа 1 долгое время рассматривали как эукариотические инновации. Однако имеет место примечательная тенденция: чем внимательнее мы изучаем быстро прибывающие данные сравнительной геномики архей и бактерий, тем больше обнаруживается эволюционных предшественников для характерных эукариотических систем. Например, у давно известного эукариотического аппарата деградации белков, протеасомы, имеется более простой гомолог с аналогичной функцией у архей, и даже более примитивная версия у бактерий (Groll et al., 2005). Бесспорная эволюционная связь и функциональная аналогия между протеасомами архей и эукариот была точно установлена даже раньше, чем появились последовательности геномов. Сравнительный анализ геномов параллельно привел к предсказанию экзосом у архей: были идентифицированы высококонсервативные наборы предполагаемых архейных оперонов, кодирующих белки, гомологичные субъединицам эукариотических экзосом, молекулярных машин, осуществляющих деградацию РНК у эукариот (Koonin et al., 2001b). Как и следовало ожидать, эта предсказанная архейная экзосома была экспериментально обнаружена через несколько лет (Hartung and Hopfner, 2009).

В течение долгого времени убиквитиновая сигнальная сеть, управляющая деградацией и топогенезом белков в эукариотической клетке посредством присоединения к белкам небольшого, чрезвычайно консервативного белка, называемого убиквитином (Ub), и значительно менее распространенных паралогов убиквитина, считалась типичной специфической для эукариот функциональной системой, уникальной отличительной чертой эукариот (Hochstrasser, 2009). Позже, благодаря растущему разнообразию секвенированных геномов архей и бактерий и прогрессирующим методам обнаружения сходства белков по аминокислотной последовательности и структуре, были обнаружены прокариотические гомологи убиквитина. Эти небольшие белки чрезвычайно распространены у архей, но, по-видимому, работают в реакциях, обеспечивающих встраивание серы, что необходимо для биосинтеза ряда коферментов. Однако тщательное сравнение геномов привело к открытию, у различных бактерий, оперонов, которые комбинируют гены гомологов убиквитина с генами гомологов двух субъединиц убиквитин-лигазы и деубиквитинирующего фермента. Хотя эти белки лишь отдаленно связаны со своими эукариотическими гомологами, колокализация всех этих генов наводила на мысль о вероятности того, что обнаружено бактериальное происхождение Ub-системы (Iyer et al., 2006). Далее в 2010 году появилось сообщение об экспериментах, демонстрирующих, что по крайней мере у некоторых Archaea определенная группа гомологов убиквитина функционирует подобно классическому эукариотическому убиквитину, то есть эти небольшие белки присоединяются к различным другим белкам и делают их мишенью для деградации (Humbard et al., 2010).