Два года спустя в статье «Zur Apologie des Atomismus» он дает дополнительный вклад к истории материализма. Он стремится утвердить здесь, вопреки теологам, право атомизма и всего механического понимания природы. Однако в то же время он старается показать, что естественно-научные теории никогда не смогут вторгнуться в пределы научной теологии. Он приближается, таким образом, к точке зрения «спекулятивных текстов». Он прямо и указывает также на них. Конечно, у него весьма мало общего с руководителями этого движения Вейссе, Йог. Гот. Фихте
. Однако он весьма близко соприкасается с наиболее значительным и наиболее своеобразным среди них, с Германом Лотце. Но и по отношению к нему он также является самостоятельным. И при том не только в отдельных вопросах. У Лотце господствующая мысль – это апологетическая цель: примирить потребности сердца с результатами науки. Зигварт, напротив, преследует критико-познавательную точку зрения. Он прежде всего стремится определить логический характер, значимость и ценность связанных с механическим пониманием природы теорий; так приходит он к своему отрицательному приговору о материалистической метафизике. Та же самая критико-познавательная тенденция приводит его к тому, чтобы оградить сферу права теологии от неправомерных вторжений. И в консервативном или, его угодно, скептическом стремлении оберегать при случае также и право старого по отношению к слишком радикальным и слишком уверенно выступающим гипотезам он становится на сторону той позиции, какую занимает «теология примирения». Для него самого, однако, все осталось при шлейермахеровской . От Лотце уже тогда отделяло его то, что было в его мышлении кантовского.Зигварт намеревался по защите диссертации занять кафедру философии в Тюбингене. Но внезапный упадок сил нарушил его планы. В 1859 году он отправился в Blaubeuren в качестве преподавателя. Однако уже спустя немного лет, осенью 1863 г., он был приглашен в Тюбинген занять освободившуюся благодаря уходу Фихте
кафедру. Осенью 1865 г. он стал ординарным профессором.Литературные работы этих и последующих лет движутся сплошь в исторической области. Еще в Blaubeuren Зигварт выступил против несправедливого суждения Либиха
о Бэконе. Либих возражал, и спор длился еще некоторое время. Великий химик был в этом случае прав: традиционное понимание, усматривавшее в Бэконе не только пролагающего пути методолога и натурфилософа, но вместе с тем и экспериментирующего естествоиспытателя в нынешнем смысле, – это понимание было несостоятельно. Но критику недоставало понимания исторических предпосылок, из которых только и можно было оценить такого мыслителя, как Бэкон. Зигварт ограничил нападки Либиха той мерой, какая соответствует исторической истине. – Его ближайшие работы имеют своим предметом «краткий трактат» Спинозы, который был найден незадолго до этого. Результаты этих работ ныне в различных пунктах уже превзойдены. Несмотря на то, эти исследования сохранят основоположное значение для исследований о Спинозе.Также и впоследствии Зигварта всегда вновь влекло к историческим занятиям. И при том он особенно охотно останавливается на том переходном времени, когда подготовлялась современная наука. Так, он трактует об Агриппе из Неттесгейма, о Феофстрате Парацельзе, о Джордано Бруно, о Томасе Кампанелле, о Иоганнесе Кеплере и Якове Шегке (Schegk). Это образы, которые мастерски умеют схватить колорит времени, также и по форме это небольшие художественные произведения, совершенно освобожденные от ученого аппарата, который все же применяется с точной добросовестностью историка. Зигварт вообще в высокой мере обладал даром рисовать эпохи и характеры. И можно было бы, пожалуй, сожалеть, что он не стал вполне историком философии.