Преподавание литературы Ломоносов строит во многом в соответствии со своим личным опытом на основе сочетания традиционных приемов и источников с новыми методами и новым материалом: «...в первом классе обучать российской грамоте обыкновенным старинным порядком, то есть азбуку, часослов и псалтырь, потом заповеди просто... Потом учить писать по предписанному доброму великороссийскому почерку и приучивать читать печать гражданскую». Во втором и третьем классах школьники должны были проходить «в прозе и в стихах российские сочинения, те особливо, которые... к знатному исправлению российского штиля на свет вышли». При этом Ломоносов особо подчеркивает необходимость для гимназистов «прилежно читать славенские книги церьковного круга и их держаться как великого сокровища, из которого знатную часть великолепия, красоты и изобилия великороссийский язык заимствует» (мысль, которую он вскоре разовьет в одном из самых главных своих филологических произведений).
Детально был продуман Ломоносовым список литературы для латинских классов. Сюда он включил, по мере приближения к концу обучения, «Разговоры» Эразма Роттердамского, избранные сочинения Цицерона, Корнелия Непота, Светония, Курция, Вергилия, Горация, Овидия, Тита Ливия, Тацита и др. Из немецких писателей Ломоносов рекомендовал Готшеда, Мосгейма, Коница, Гюнтера и др., из французов — Фенелона, Мольера и Расина.
Преподавание «первых оснований нужнейших наук» Ломоносов предлагал вести, опираясь на пособия своего марбургского учителя Вольфа. Для этого он планировал «во втором классе употреблять из Волфова сокращения «Арифметику» и «Геометрию» (которые нарочно с немецкого перевесть и напечатать)». Логику, метафизику, физику должно было преподавать по ломоносовскому переводу «Волфианской физики» Тюммига, вышедшему еще в 1746 году.
Для управления учебным процессом Ломоносов вводит свою систему отметок, наказаний и поощрений. Отметки предполагались следующие: 1. В. И. — «все исполнил», 2. Н. У. — «не знал уроку», 3. Н. Ч. У. — «не знал части уроку», 4. 3. У. Н. Т. — «знал урок нетвердо», 5. Н. 3. — «не подал задачи», 6. X. 3. — «худа задача», 7. Б. Б. — «болен», 8. X. — «не был в школе», 9. В. И. С. — все исполнил с избытком», 10. Ш. — «шабаш». Наказания (приватные и публичные) полагались за неусердие на уроках, а также провинности в поведении и варьировались по тяжести проступка, от простых выговоров и предупреждений («угроз») до битья «по рукам ферулею» (линейкой) и порки «лозами по спине». Но, не в пример другим авторам гимназических инструкций из Петербургской Академии — Г.-Ф. Миллеру, Г. Н. Теплову, И.-Э. Фишеру, И.-Д. Шумахеру, — Ломоносов не ограничился одними только наказаниями. Он предусмотрел целый ряд разнообразных поощрительных мер — устные похвалы, награждение книгами и инструментами, серебряными медалями. Была предусмотрена и такая, например, характерная форма поощрения отличившихся и одновременно наказания провинившихся учеников: «...чтоб им те кланялись в школе, которые то должны делать вместо штрафа».
Было и еще одно важное отличие ломоносовского московского проекта от регламентов и инструкций, принимавшихся в Петербурге. Оно содержалось в § 3: «В обоих гимназиях на жалованье в комплете не должно быть иностранных больше пятой доли...» Эта оговорка была очень важна, ибо Ломоносов по своему опыту знал, как обстояли дела в гимназии при Академическом университете в Петербурге: там на протяжении первых двадцати лет число детей иностранцев постоянно составляло почти половину от общего числа («комплета») учащихся, а, скажем, в 1737-м, 1738-м, 1739-м, 1743 годах в Академическую гимназию вообще принимались только иностранцы.
Ломоносов действительно составил «целый полный план», в котором подробнейшим образом было даже расписано, как тратить положенные на каждого казеннокоштного ученика годовые деньги (в полтора раза больше, чем сам он получал в Славяно-греко-латинской академии):