В Петербургской Академии, несмотря на то, что в ее штате было два профессора-историка (Миллер и И.-Э. Фишер), он во всем, что касается серьезных историографических исследований, застает картину унылую с точки зрения профессионала, но отрадную с точки зрения честолюбца: огромные залежи совершенно неизвестного на Западе исторического материала и ни малейшего, как он решил, представления о его научной обработке. Впрочем, статьи Байера и Миллера не могли не внушать ему доверия. Что же касается русских историков, то их, по существу, не было. «История Российская» Татищева не напечатана, а сам автор уже более десяти лет как умер. «Древняя Российская история» Ломоносова также еще не напечатана, но автор ее, хотя и жив, является профессором химии, — следовательно, дилетантом в истории, а потому его можно не принимать всерьез.
Перед Шлецером открывались более чем заманчивые перспективы: он станет первооткрывателем русской истории для Запада (ему уже было ясно, что все написанное там о ней не выдерживает никакой критики); кроме того, он станет богатым человеком, ибо эта работа (а работа предстояла огромная) укрепит европейский престиж государства Российского и принесет ему профессорский оклад в Академии, да и на Западе его ждут большие гонорары за публикацию русских исторических материалов. Впоследствии Шлецер признавался, что его целью было «в Германии обращать в деньги то, что узнавал в России», и добавлял при этом: «Я полагал, что с величайшей точностью рассчитал дальнейший ход моего дела, каким бы случайностям оно ни подвергалось».
Поначалу все шло как нельзя лучше. Шлецер устроился учителем в доме Миллера. Он быстро нашел общий язык с Таубертом (даже называл себя в шутку «тайным советником» Тауберта). В июле 1762 года, то есть спустя восемь месяцев после приезда в Петербург, Шлецер был назначен адъюнктом при историографе (Миллере). При содействии Тауберта он получил доступ к рукописным материалам академической библиотеки, нашел поддержку у некоторых академиков, а также познакомился с влиятельными придворными. В общем, положение его в Петербурге сделалось достаточно прочным.
Приступив к изучению летописей, Шлецер справедливо рассудил, что, не зная русского языка, из них нельзя извлечь достоверную информацию. Чтению источников сопутствует у него ускоренное овладение языком оригинала. Итогом первых двух лет пребывания Шлецера в Петербурге стал его труд «Опыт изучения русских древностей в свете греческих источников». Это был сборник историко-филологических этюдов на латинском языке, где на основе сопоставлений делался вывод о решающем влиянии греческого языка на древнерусский. В мае 1764 года Шлецер представил его в Академическую канцелярию с тем, чтобы, по освидетельствовании академиками, опубликовать его. Компетентных судей в Академии было трое — Миллер, Фишер и Ломоносов. Первые двое высказались о работе Шлецера сдержанно, но доброжелательно. Отзыв Ломоносова был краток и резок: «Этот опыт написан так, что всякий читатель, незнакомый с русским языком, обязательно сочтет последний происходящим от греческого языка, а это противоречит истине. Поэтому данный опыт в теперешнем его виде обнародованию не подлежит. Умалчиваю о многом другом, что также требует исправления».
Дело для Шлецера осложнялось тем, что свой «Опыт» он рассматривал в ряду других работ по русской истории, намеченных к исполнению, как основание для присуждения ему звания профессора Петербургской Академии наук. Причем было два возможных варианта: либо он становится ординарным профессором (оклад не менее 800 рублей в год), либо его избирают иностранным почетным членом Академии (200 рублей в год и соответственно меньший объем работы). Но и в том и в другом случае Шлецер не собирался оставаться в России. Направляя «Опыт» в Канцелярию, Шлецер сопроводил его рапортом, в котором просил отпустить его в Германию на три месяца для устройства домашних дел и намекал на то, что неплохо было бы подумать о новом служебном назначении его: «Если же своей почти двухгодичной службой при имп. Академии мне посчастливилось угодить ей и если она вследствие того признает меня достойным служебного назначения, то я очень желал бы, чтобы имп. Академия соблаговолила объявить мне в таком случае свое суждение еще до моего отъезда».