Наконец, к 1741 году наиболее значительные научные силы ушли из Академии. Как писал в конце своего пути Ломоносов, «не можно без досады и сожаления представить самых первых профессоров Германа, Бернуллиев и других, во всей Европе славных, как только великим именем Петровым подвиглись выехать в Россию для просвещения его народа, но, Шумахером вытеснены, отъехали, утирая слезы». Действительно, отъезд из Петербурга Германа, Бюльфингера, Д. Бернулли, ранняя смерть Н. Бернулли не только принесли ущерб начинающейся петербургской науке, но и во многом затруднили как начало, так и весь последующий творческий путь самого Ломоносова. Если к этому добавить, что как раз в июне 1741 года Леонард Эйлер выехал из Петербурга в Берлин, то есть практически сразу по приезде Ломоносова из Германии, то можно без всякого преувеличения сказать, что ломоносовские «досада и сожаление» по поводу ухода из Академии крупнейших ученых отражали не только государственную, но и его глубоко личную точку зрения. В сущности, к 1741 году из Петербургской Академии уехали ученые, чей светлый ум отличался широтою научных интересов. В первую очередь это относится к Д. Бернулли и Эйлеру. Каждодневная научная работа именно в таком окружении — вот что было необходимо для универсального по своим устремлениям гения молодого Ломоносова. Его же на первых порах, да и на протяжении всего дальнейшего пути ожидало либо глухое непонимание со стороны оставшихся в Академии ученых, мышление которых в большинстве случаев было ограничено рамками их научной дисциплины, либо явная или скрытая вражда бюрократической ложи, руководимой Шумахером.
2
Душа Ломоносова, переполненная идеями и замыслами, изнемогала в жажде подвига во имя и во славу Истины и России. Что же касается Шумахера, то он в июне 1741 года, надо думать, был уверен, что Ломоносов всецело у него в руках. Гарантией этого, с его точки зрения, вполне мог служить «авантюрный» финал ломоносовского обучения в Германии. Шумахер просто решил некоторое время «выдержать» такую крупную рыбу, как Ломоносов, в академической заводи, чтобы в нужный для себя момент выловить и бросить к ногам Сената или двора, буде спросят: а есть ли в Академии русские, мол, ученые?
И начались для Ломоносова академические будни, серые и однообразные.
Отметившись 8 июня в Канцелярии о своем прибытии, он получил «две каморки» в доме для академических служащих (стоял на месте нынешнего дома № 43 по 2-й линии Васильевского острова). 10 июня подал в Канцелярию прошение о выдаче ему денег «для покупки нужнейших в домашнем житье нужд и содержания себя и покоев». Поскольку Ломоносов не был определен ни на какую конкретную должность в Академии и постоянный оклад ему не был положен, Канцелярия распорядилась выдать ему просимое в счет будущего жалованья.
Одновременно с распоряжением о выдаче пятидесяти рублей, Канцелярия приняла решение направить Ломоносова под начало профессору ботаники и натуральной истории Иоганну Амману (1707–1741), «дабы оный дохтор его, Ломоносова, обучал натуральной истории, а наипаче минералам, или что до оной науки касается, с прилежанием». В добавление к этому решению получил от Шумахера сопроводительное письмо к Амману, в котором содержалась просьба «преподавать ему естественную историю, особенно по царству ископаемых, и руководить его занятиями, с тем чтобы с ним поскорее можно было дойти до предположенной цели».
Цель, о которой писал Шумахер, — это определение Ломоносова в академический штат на твердую должность ученого. Когда Ломоносов со своими товарищами отправлялся в Германию, им было обещано, что по их возвращении, если они «в пройденных науках совершенны будут, пробы своего искусства покажут и о том надлежащее свидетельство получат», то будут «в профессоры экстраординарные удостоены». Вот на этом-то «если» и играл Шумахер, затягивая производство Ломоносова: похвальные отзывы Вольфа и Дуйзинга — это-де хорошо, но ведь главное, ради чего его посылали в Германию, — горное дело, минералогия; а от Генкеля, кроме возмущенных писем, в Петербурге никаких аттестатов о Ломоносове не получали.
Ломоносов под руководством Аммана приступил к изучению естественной истории, «особенно по царству ископаемых». Он черновой работы в науке не боялся. Минеральный кабинет Кунсткамеры Академии наук, где ему предстояло работать, обладал богатым собранием различных камней и окаменелостей как минерального, так и органического происхождения (камни печени, почек, мочевого пузыря и т. п.). Но собрание это не было разобрано и описано. В 1731 году профессор химии Гмелин начал составлять каталог Минерального кабинета. До 1733 года, когда Гмелин отправился в сибирскую экспедицию, он успел закончить описание большей части коллекций, входивших в собрание. Но оставалась еще довольно значительная доля неразобранных материалов. Завершить начатую Гмелином работу и предстояло Ломоносову.