Двадцать восьмого мая Ломоносова вызвали на допрос в комиссию. Он отказался, ответив, что подчиняется не следственной комиссии, а Академии наук
[70]. Опешившие от такой наглости ревизоры распорядились взять адъюнкта под караул. Караульное помещение находилось прямо в здании академии, где работала комиссия. В тот же день Ломоносов был препровожден туда из Бонова дома. Через три дня он вновь отказался давать показания, заявив, на сей раз, что «без воли команды оной же Академии советника Нартова ответствовать не смеет». Еще через два дня комиссия, не добившись от Ломоносова проку, допросила свидетелей и прояснила для себя картину.Ломоносов продолжал сидеть под караулом. 23 июня он послал официальное прошение, адресованное опять-таки не комиссии, а академии. Из-за пребывания в заключении, жаловался ученый, «не токмо искренняя моя ревность к наукам в упадок приходит, но и то время, в которое я, нижайший, других бы моим учением пользовать мог, тратится напрасно, и от меня никакой пользы отечеству не происходит». Арест оторвал его «от сочинения полезных книг и чтения лекций». Михайло Васильевич немного сгущал краски. Если преподавательскую работу пришлось приостановить, то работать над научными и литературными трудами в заключении возможность у него была, и он ею активнейшим образом пользовался. За восемь месяцев из-под его пера вышли три крупные работы по физике и «Краткое руководство к риторике». И именно в эти месяцы он написал лучшие в своей жизни стихи…
Нартов отозвался на жалобу своего подчиненного и потребовал от комиссии освободить Ломоносова. Но голос Нартова уже значил мало. Единственное послабление заключалось в том, что в августе, когда Ломоносов заболел, его перевели под домашний арест. Дело ушло в Сенат, который лишь в начале 1744 года принял решение по делу адъюнкта-скандалиста: «Оного Ломоносова для его довольного обучения от наказания освободить, а во объявленных учиненных им предерзостях у профессоров просить прошения». Кроме того, в течение года ему платили половинное жалованье.
К тому времени уже приехала из Германии Елизавета Христина с дочерью (сын Ломоносова, родившийся в отсутствие отца, прожил лишь несколько недель); ее сопровождал в дальний путь брат-погодок Иоганн. Все это лишь усугубило положение опального ученого. Выхода не было. Ни с чем не споря, он расписался 24 января на решении Сената, а три дня спустя прочитал в Академическом собрании утвержденный текст покаяния. На этом его дело было закончено. Если не считать того, что из его и так ополовиненного жалованья (которое, начиная с 1744 года, выдавать все же начали) вычли 65 рублей долга Штурму да еще пытались удерживать деньги, перерасходованные им в Германии. С последним пунктом Ломоносов в конце концов разобрался, доказав, что не он должен академии, а она ему (недочет был компенсирован книгами из академической лавки), но на решение этого вопроса ушло два года.
Окончательный приговор был вынесен в июле после полуторагодового расследования. Шумахер был признан виновным лишь в хищении вина на сумму 109 рублей с копейками. Эту вину Сенат ему простил, а в возмещение причиненных неприятностей он был даже произведен в статские советники. Обвинители же господина советника были приговорены к наказанию батогами и плетью. Горлицкого, признанного главным зачинщиком, приговорили даже к смертной казни, но потом смягчили приговор, ограничившись наказанием плетью и ссылкой в Оренбург. Но Елизавета помиловала всех и велела принять их обратно на службу в Академию наук. Шумахер чувствовал себя настолько уверенно, что осмелился ослушаться, сославшись на то, что места уволенных уже заняты новыми сотрудниками.
Никита Попов, однако, в академии остался, более того — с этого момента началась его чрезвычайно успешная и быстрая карьера. В 1748 году он уже был адъюнктом, в 1751-м — профессором. Служебному росту Попова не повредила даже его бурная личная жизнь: он сожительствовал с девицей Мадленой Гросс, на которой отказывался жениться, хотя она родила ему двоих детей. Любовники шумно ссорились, сходились и расходились, пока в июле 1749 года адъюнкту Попову не было высочайше приказано обвенчаться с Мадленой, причем на него наложили еще и церковную епитимью. Впрочем, скандалы на амурной почве были в василеостровской «Касталии» обычным делом. Как язвительно замечал Шумахер, «во все времена наши профессора эманципировались в вопросах любви и брака».
Удивительно, но через несколько лет после процесса Шумахера был восстановлен в Академии наук и Горлицкий, прослуживший там до глубокой старости. Вернулся на прежнюю службу и Шишкарев, периодически продолжавший бороться за справедливость (то есть за более высокое жалованье и лучшие условия труда для академических переводчиков). Таким образом, приказ императрицы все же был исполнен, хотя не полностью и с опозданием. Квалифицированных переводчиков было немного, и Шумахеру пришлось переступить через свои обиды.