Основное ядро преподавателей составили молодые, приглашенные из Германии университетские люди — И. М. Шаден, Ф. Г. Дильтей, И. Г. Фроман и другие, рекомендованные Шувалову Миллером. Кроме того, в Москву отправились три выпускника Академического университета, не находившие себе достойного применения в Петербурге, — Николай Поповский, Антон Барсов и Филипп Яремский, а позднее также Алексей Константинов и Данила Савич. Назначенный вместе с Шуваловым куратором нового университета старик Л. Л. Блюментрост (первый президент Академии наук) отнесся к этим молодым петербуржцам не слишком ласково, но вскоре он умер. Директором университета был назначен коллежский советник А. М. Аргамаков, а после его внезапной смерти в 1757 году — Иван Иванович Мелиссино. Именно с этим человеком, занимавшим должность до 1763 года, связано становление университета.
В 1758 году он привез в столицу несколько лучших гимназистов. В их числе был тринадцатилетний Денис Фонвизин. Гимназисты были представлены Шувалову, который (вспоминает Денис Иванович) «принял нас весьма милостиво, и, взяв меня за руку, подвел к человеку, которого вид обратил на себя почтительное мое внимание. То был бессмертный Ломоносов! Он спросил меня: чему я учился? „По-латыни“ — отвечал я. Тут он стал говорить о пользе латинского языка с великим, правду сказать, красноречием».
По воспоминаниям того же Фонвизина, качество обучения в гимназии оставляло желать лучшего: учитель арифметики «пил смертную чашу», на экзамене по географии ни один ученик не мог правильно ответить, в какое море впадает Волга, а во время публичного экзамена по-латыни преподаватель надел кафтан с пятью пуговицами (по числу склонений) и камзол с четырьмя (по числу спряжений) и подсказывал ученикам, трогая пальцем соответствующую пуговицу. И все же именно из первого выпуска гимназии и университета вышли, кроме Фонвизина и его брата Павла (позднее пятого директора Московского университета), также Н. И. Новиков, Г. А. Потёмкин, поэт Ипполит Богданович, вице-директор Академии наук С. Г. Домашнев и др.
В первые годы в университете и в гимназии числилось около ста молодых людей, из них 30 «казеннокоштных». Большую часть вольных составляли молодые дворяне, недолго учившиеся одному-двум предметам, по большей части иностранным языкам. В 1764 году из сорока восьми университетских студентов восемь назвали себя дворянами (сведения не проверялись). Половина других происходила из солдатских детей, некоторые — из духовного сословия, из канцеляристов, очень немногие из крестьян и посадских; один был сыном крепостного. При поэте Михаиле Хераскове, сменившем в должности директора Мелиссино, и особенно после открытия в 1779 году Благородного пансиона число дворян среди студентов увеличилось. Все больше (несмотря на действовавший одно время запрет на переход в университет из семинарий) было детей священнослужителей. Выходцы из мелкопоместного дворянства и духовного сословия, обер-офицерские дети и внебрачные сыновья русских бар составили костяк студенчества и всего российского интеллигентского класса в середине XIX века, в эпоху славянофилов и западников, Шевырева и Грановского, когда Московский университет стал не только главной национальной «кузницей кадров», но и местом споров о будущем страны. Выучившись, честолюбивые юноши отправлялись осуществлять свои мечты в Петербург — по тому же пути, который когда-то, веком раньше, проделал «спасский школьник» Михайло Ломоносов.
Именно в типографии Московского университета увидело свет в 1757–1759 годах второе собрание сочинений Ломоносова. Так был отмечен его вклад в создание этого учебного заведения. Гравированному портрету автора были предпосланы стихи Поповского:
К другим шуваловским проектам — созданию Академии художеств (1757) и Казанской гимназии (1760), которая переросла тоже в знаменитый университет и в числе первых учеников которой был Гаврила Державин (из учебных заведений, основанных при Елизавете, вышли люди, действовавшие в Екатерининскую эпоху), — Ломоносов имел отношение более косвенное. Разумеется, в его личных беседах с Шуваловым эти идеи обсуждались. Отделение от Академии наук Академии художеств и ремесел еще в 1742 году не давало покоя Нартову, и Ломоносов продолжал горячо отстаивать этот замысел. Правда, сам он, как мозаист и сочинитель сюжетов для исторических полотен, и к художествам имел прямое отношение. На торжественном открытии («инавгурации») новой академии, намеченном на 7 июля 1765 года, он собирался произнести речь — и уже написал ее, но не дожил до церемонии двух месяцев.