Академии пришлось идти на самые фантастические предприятия, чтобы поддерживать свое существование: например, получать в Берг-коллегии железо, якобы для починки кровель, и сбывать его на сторону. Именно в это время Шумахер смог в полной мере проявить свои качества: и, безусловно, положительные (хозяйственную сметку, административный инстинкт), и не столь привлекательные. Именно он завел при Академии наук отличную по тем временам типографию, переплетную, граверную и камнерезную мастерские. Некоторые гравюры, созданные в академических мастерских, прекрасно сохранились — например, знаменитые петербургские виды Михаила Махаева. Посторонние затраты, разумеется, вызывали недовольство ученых, с задержкой получавших жалованье, не имевших возможности приобретать необходимые инструменты и т. д. Однако мастерские не только способствовали развитию ремесел и искусств в России, но и дали академии возможность в трудные годы получать дополнительный доход от частных заказов, а после возвращения двора в Петербург вновь добиться полноценного государственного финансирования. Анне Иоанновне и Бирону, которого упросили принять на себя звание «протектора» академии, разумеется, интересна была, прежде всего, внешняя, показная сторона ее деятельности: анатомические, минералогические, этнографические собрания Кунсткамеры, книги с золочеными корешками в роскошных шкафах, картины и гравюры, и в особенности — фейерверки и придворные празднества. Здесь Шумахер знал толк. И вот результат: исправное поступление денег в рамках сметы, а сверх того — солидные (до 110 тысяч рублей) дополнительные денежные пожалования, монополия на издание переводных книг и торговлю книгами иностранными.
Самой академии толку от этого было, однако, меньше, чем можно было бы ожидать. Шумахер, еще недавно скромный библиотекарь, почувствовал себя хозяином над именитыми профессорами и блестящими коллекциями академии. Он завел огромный штат канцеляристов, кунсткамерных, типографских и прочих служителей, огромный настолько, что денег на жалованье опять не хватало. «Академические служители такую претерпевали нужду, что принуждены были брать жалование книгами и продавать сами, получая вместо рубля по семидесяти копеек и меньше…» Это уже свидетельство самого Ломоносова. Но ни барон Герман Кейзерлинг, ставший президентом Академии наук в 1733-м, ни его (с 1734-го) преемник, курляндский барон Иоганн Корф, называвший Шумахера «неученым сочленом и канцелярским деспотом», обойтись без этого деспота не могли. Он держал в руках все нити управления академией. Кейзерлинг и Корф были образованными людьми, но не учеными и не администраторами, а придворными. Свое влияние они использовали для получения средств. Что происходило с этими средствами дальше, в деталях знал только господин советник Академической канцелярии.
Что же касается профессоров, то Шумахер управлял ими, искусно стравливая между собой «стариков» и молодежь. Уже в первые годы существования Академии наук ее работа была омрачена затяжным конфликтом между Якобом Германом и Бильфингером — с одной стороны, и Даниилом Бернулли — с другой. Однако, покинув Петербург, ученые быстро помирились.
В 1734 году достроили Кунсткамеру. На первом этаже здания разместились минералогические и анатомические коллекции, второй и третий этажи заняли административные помещения и библиотека. В башне располагалась обсерватория. Научные «конференции» по-прежнему проходили во дворце Прасковьи Федоровны, там же оставались гимназия и Географический департамент. Залы Кунсткамеры были открыты для желающих, но часто и те, кого любопытство приводило в дом с башенкой, мало понимали суть деятельности академиков. Чужеземцы, занимающиеся звездочетством и хранящие в спирту зародыши нерожденных младенцев и двухголовых телят, были в глазах большинства петербуржцев просто заморскими колдунами.