Тридцатого сентября, через пять дней после так драматично закончившихся поисков епанчи, Елизавета подписала указ об аресте Шумахера, контролера Гофмана, канцеляриста Паули и побитого Ломоносовым в квартире Штурма бухгалтера Прейсера. Создалась следственная комиссия, в которую вошли петербургский обер-комендант С. Л. Игнатьев и президент Коммерц-коллегии князь Б. Г. Юсупов. Во главе комиссии был поставлен адмирал граф Н. Ф. Головин (сын петровского канцлера). Академической канцелярией, а значит, и самой академией пока что приказано было руководить Нартову.
Профессора восприняли эти известия с потрясением. Крафт 16 октября писал Эйлеру: «В нашей Академии случился казус, который всех нас привел в отчаяние, печаль и ужас, именно: ночью 7 октября советник Шумахер посажен под строгий домовой арест; при сем опечатаны его бумаги…» Крафт был родственником и другом «канцелярского деспота»; другие профессора относились к нему не столь тепло, но все они работали под его руководством многие годы и помнили, что именно этот неоднозначный человек как-то провел Академию наук через многочисленные политические рифы и обеспечил ее существование. К тому же он был «своим». Оказаться под властью «русского мужика» Нартова было и унизительно, и страшно.
Нартов тем временем разработал проект радикальных реформ в академии. Прежде всего, предполагалось разделить собственно Академию наук и задуманную еще при Петре Академию художеств и ремесел
[63], в ведение которой предполагалось передать ремесленные мастерские. Пока что были резко сокращены штаты, уволены «лишние» сотрудники. В гимназии Нартов отстранил учителей Миллера, Генриха Юстуса (который приехал из Германии вслед за своим младшим братом Герардом Фридрихом) и Христиана Германа, уличенных в том, что они отлынивали от работы в гимназии, давая в то же время уроки у себя дома за деньги, а заодно и их помощника, «информатора Фишера», малополезного по незнанию русского языка и склонности к пьянству. Вместо них были приглашены преподавать в гимназию Тредиаковский, Горлицкий и переводчик Гронинг (Гренинг).Далее, Нартов обнаружил огромные долги в книжной лавке. Сумма вышла колоссальная — свыше 32 тысяч рублей (что соответствовало, к примеру, жалованью Ломоносова за 88 лет)! Книги в долг получали Сенат (на 6,5 тысячи рублей!), Синод, двор, частные лица… Анна Леопольдовна, Антон Ульрих и Юлия Менгден вместе взяли без оплаты книг на 665 рублей (вряд ли царственным ссыльным позволили захватить эту библиотеку в Холмогоры, но долг остался на них, а не на казне). Президенты академии не отставали от прочих. Особенно большим книголюбом был Корф (4 тысячи 339 рублей долга).
Нартов рассчитывал получить этот долг назад и вновь добиться регулярного (как при Анне) выделения Сенатом денег для Академии наук. Реформатор не понимал, что «ремесленные» отделения академии и завуалированные взятки важным лицам (в том числе роскошно изданными книгами, отпущенными якобы в долг) как раз и были залогом исправного государственного финансирования. В результате весь 1743 год профессора тоже просидели без жалованья, что симпатий к Нартову не прибавило. А разговор о книжных долгах повредил ему к тому же в глазах следственной комиссии. На самом ее председателе Головине было 97 рублей долга академической книжной лавке, и отдавать их он не собирался.
Особенно настроили академиков против Нартова его планы сократить число профессоров (оставив по одному на каждую дисциплину) и опечатывание документов академии, произошедшее 10 октября. Поводом послужил донос сторожа Глухова о том, что унтер-библиотекарь Тауберт, «приходя в Канцелярию и старую судейскую, берет разные письма большими связками и носит к себе наверх». 25-летний Иоганн Каспер (Иван Иванович) Тауберт, в прошлом студент, произведенный в адъюнкты в 1738 году
[64], а спустя три года назначенный на внешне скромную должность «унтер-библиотекаря», уже в эти годы был очень близким Шумахеру человеком. В его ведении была не только библиотека, но и коллекции Кунсткамеры.Но опечатаны были не только канцелярские бумаги, но и чисто научные документы, в частности шкафы Географического департамента. Инициатива, почти несомненно, исходила от Делиля (напомним: как раз накануне он был отстранен от заведования этим департаментом), но формально приказ отдал Нартов. Этого ему простить не могли.