Жизнь студентов этого первого в стране университета во многом напоминала студенческую жизнь всех времен и народов. Временами молодые люди пьянствовали, дрались между собой, кто-то приводил в общежитие девиц. Во всем этом разбирался Фишер. За провинности студентов наказывали строго, порой даже «секли лозами». С другой стороны, когда в январе 1749 года группа студентов (Котельников, Барсов, Протасов, Добротворский и др.) обратилась с просьбой бесплатно выдавать им экземпляры «Санкт-Петербургских ведомостей» («понеже мы усмотрели, что к лучшему знанию политической географии, которая нам нынче на русском языке преподается, необходимо и знание политической истории, а особливо нынешних времен»), просьба была удовлетворена в тот же день. Не возникало, не в пример прошлым годам, жалоб на плохое питание, неисправную выдачу стипендии и т. д.
Никакой преемственности между университетом и гимназией, да и между немецким и латинским классами гимназии по-прежнему не было (хотя латынью гимназисты и студенты иногда занимались вместе). В высшем классе немецкой гимназии в 1748 году училось семь русских по происхождению учеников (в основном дети мелких чиновников; впрочем, был там и сын Ея Величества духовника Михаил Дубянский), в латинском же классе из двенадцати учеников русских было всего трое, в том числе Нартов-сын. Большинство университетских студентов составляли отобранные семинаристы, к которым присоединили двух-трех человек, состоявших в студенческом чине раньше, в том числе Семена Котельникова, и нескольких самостоятельно определившихся в последующие годы (в числе последних, например, Алексей Константинов, сын протоиерея из Брянска, будущий зять Ломоносова). Преподаватели подавали доклады об успехах студентов; периодически проводились экзамены. Лучшими студентами, кроме великовозрастного (в 1748 году ему уже исполнилось двадцать пять лет) Котельникова, считались Антон Барсов, Михайло Софронов и особенно юный, четырнадцатилетний, Румовский. Переросток Котельников и вундеркинд Румовский (оба будущие заграничные пансионеры, затем адъюнкты и, наконец, профессора академии) заслужили наибольшие похвалы и своим поведением. С другой стороны, Никифор Герасимов и братья Павинские досаждали товарищам и начальству «пьянством и бешенством», а Филипп Яремский — болтовней и злословием. О Баркове мы уже писали.
В 1750 году — как раз в то время, когда Ломоносов приступил к преподаванию, — Миллер был отстранен от ректорства и заменен Крашенинниковым. Это стало результатом событий, о которых пойдет речь.
Естественно, занятия Ломоносова и Миллера пересекались в эти годы часто и помимо университетских дел.
С 1746 года Ломоносов вместе с Миллером (а также Фишером, Штелином, Тредиаковским, Штрубе де Пирмонтом, Крузиусом, Тепловым и Брауном) входил в Историческое собрание, обсуждавшее академические труды по данной дисциплине. При этом иногда их позиции совпадали, но чаще — нет.
Ломоносов выступил союзником Миллера в 1746 году в «деле Крекшина».
Петр Никифорович Крекшин (1684–1763) — один из тех колоритных и противоречивых людей, на которых русский XVIII век был так щедр. Новгородский дворянин хорошего рода, смотритель работ в Кронштадте, состоявший одно время под судом за растрату, он прославился как страстный собиратель древних манускриптов (его коллекция, которую он передал Татищеву, позднее попала к А. И. Мусину-Пушкину и сгорела вместе со всем собранием последнего в 1812 году). Крекшин и сам оставил ряд сочинений. В их числе «Экстракт из великославных дел кесарей вост. и зап. и из великославных дел императора Петра Великого», «Экстракт из великославных дел царей и великих князей всероссийских с 862 по 1756 г.», «Описание о начале народа словенского», «Сказание о Петре Великом», «Разговор в царстве мертвых о Петре Великом». Горячий поклонник Петра, влюбленный в то же время в разрушаемый петровской волей мир Древней Руси, Крекшин сам в отношении истории был чисто средневековым человеком. Он совершенно не чувствовал разницы между басней и правдивым повествованием, между благим пожеланием и установленным фактом.
В сентябре 1746 года он подал в академию составленное им «родословие царей и императоров российских», которое содержало потрясающее открытие: Романовы по прямой линии происходят от Рюрика. Работа была отдана на рассмотрение Миллеру; 28 января 1747 года тот представил свой доклад, не оставлявший от работы Крекшина камня на камне. В подтверждение своих замечаний Миллер, полагая, вероятно, что все же имеет дело с дилетантом добросовестным и адекватным, передал Крекшину для ознакомления книгу составленных им выписок из различных исторических источников. 17 февраля у Крекшина потребовали вернуть книгу, но тот отказался — «за написанными тем Миллером во оной поносительными, ложными и укорительными делами, чего де ему Миллеру ниже писать, но и мыслить не подлежало», и обещал подать на историка донос. Миллер потребовал рассмотрения вопроса Историческим собранием. В комиссию вошли Ломоносов, Штрубе де Пирмонт и Тредиаковский.