Всецело обязан был Ломоносову своим образованием Михаил Евсеевич Головин, сын родной сестры Ломоносова Марьи Васильевны, по мужу Головиной — крестьянки села Матигоры, неподалеку от Курострова. Головин был привезен в Петербург в 1764 году, всего восьми лет от роду (родился в 1756 году, умер в 1790 году). Ломоносов принял его необычайно сердечно и зачислил в академическую гимназию. «Весьма приятно мне, — писал он сестре, — что Мишенька приехал в Санктпетербург в добром здоровье и что умеет очень хорошо и исправно читать, также и пишет для ребенка нарочито. С самого приезду сделано ему новое французское платье, сошиты рубашки и со всем одет с головы и до ног, и волосы убирает по-нашему, так чтобы его на Матигорах не узнали. Мне всего удивительнее, что он не застенчив, и тотчас к нам и нашему кушанью привык, как бы век у нас жил, не показал никакова виду, чтобы тосковал или плакал. Третьего дня послал я его в школы здешней Академии Наук, состоящие под моею командою, где сорок человек дворянских детей и разночинцев обучаются и где он жить будет и учиться под добрым смотрением, а по праздникам и по воскресным дням будет у меня обедать, ужинать и ночевать в доме. Учить его приказано от меня латинскому языку, арифметике, чисто и хорошенько писать и танцевать».
Ломоносов сообщает сестре, что ходил сам в школу «нарочито осмотреть как он в общежитии со школьниками ужинает, и с кем живет в одной камере. Поверь, сестрица, что я об нем стараюсь, как должен доброй дядя и отец крестной. Также и хозяйка моя и дочь его любят и всем довольствуют. Я не сомневаюсь, что он через учение счастлив будет». Письмо это написано Ломоносовым 2 марта 1765 года, за месяц до смерти.
Мишенька Головин оправдал надежды Ломоносова. Он обнаружил замечательные математические способности и по выходе из академической гимназии стал ближайшим учеником Леонарда Эйлера, возвратившегося в Россию в 1766 году. Уже в 1774 году Эйлер представил два математических сочинения Головина на латинском языке и хлопотал о назначении его адъюнктом. Однако его принадлежность к «податному сословию» послужила препятствием. Но все же в 1776 году Головин был избран адъюнктом по опытной физике. Свою вступительную речь он произнес, вопреки традиции, на русском языке. Головин отличался разносторонними интересами. Помимо физики, астрономии и математики, он уделял большое внимание кораблестроительному делу и с увлечением занимался античной литературой и древними языками.
M. E. Головин деятельно работал в комиссии по созданию учебников для народных школ и некоторые из них составил сам (по геометрии, механике и гражданской архитектуре). За короткое время было издано 27 учебников, изготовлены глобусы, географические карты и другие пособия. Он шел по стопам Ломоносова, боролся за просвещение русского народа и, как Ломоносов, терпел преследования от правящей феодально-дворянской верхушки. В январе 1786 года княгиня Дашкова, ставшая директором Академии наук, вынудила Головина, как раз в то время занятого подготовкой к изданию собрания сочинений М. В. Ломоносова, к отставке.
Отдавая официальную дань имени Ломоносова, Екатерина II и ее приближенные сделали все, чтобы истребить в Академии наук ломоносовский дух и ломоносовские традиции.
Старость Ломоносова была тягостна и беспокойна.
Пухли ноги с болезненно раздувшимися венами.
Ломоносов ходил теперь с палочкой. Он стал грузен и одутловат. Лицо, смолоду румяное и толстощекое, осунулось и отдавало желтизной. Толст — губы складывались в страдальческую усмешку. Эту застывшую полупрезрительную улыбку оскорбленного человека запечатлел на мраморном бюсте Ломоносова Федот Шубин. Ломоносов проболел почти весь 1762 год. Но когда, несколько поправившись, 28 января 1763 года он приехал в первый раз в Академию, его встретил Тауберт и с язвительной вежливостью «словесно» объявил ему, что по распоряжению Разумовского он отстранен от заведования Географическим департаментом. А когда Ломоносов потребовал объяснений, ему было предъявлено повеление президента, в котором говорилось, что «от Географического Департамента уже несколько лет почти ничего нового к поправлению Российской географии на свет не произведено», а происходит это оттого, что работающие в нем «один другому только всякие препятствия делает, и время единственно в спорах препровождают». А посему президент поручает «до усмотрения впредь» начальствовать над делами департамента Герарду Миллеру, «яко историографу».
В этом распоряжении Разумовского не упоминается даже имени Ломоносова. На свет было извлечено старое положение, по которому историограф Академии наук ведал и Географическим департаментом. Ломоносов, таким образом, как бы был упразднен.
О том, как угнетен был Ломоносов этой черной несправедливостью, свидетельствует его письмо к графу М. И. Воронцову, которого он был вынужден просить о заступничестве. «Претерпеваю гонение от иноплеменников в своем Отечестве, о коего пользе и славе ревностное мое старание довольно известно», — писал Ломоносов.