Екатерина II не питала никаких иллюзий относительно Тауберта и порядков, насаждавшихся им в Академии наук. Когда Авраам Ганнибал доложил ей, что проект канала между Петербургом и Москвой пропал неизвестно куда вместе с другими бумагами Петра Великого, она собственноручно написала: «Есть ли сии планы в Академии, то испрашивать их не для чего, понеже верно украдены». А другой раз, когда Тауберт подал рапорт об уничтожении некоторых изданий Академии наук как малоценных, она наложила резолюцию: «Тож выкрал. У меня в конюшни отцепили и продали за тридцать рублев Аглинскую лошадь, которая стоит пятьсот Рублев, но то учинено незнающими людьми. Видно, что у них беспорядится не менее как в воеводской канцелярии, но таковых воевод сменяют ныне отчасти». Но ей так и не пришло в голову сместить Тауберта. Зато она сочла вполне возможным принять жалобу на Ломоносова и без всякого разбирательства решить дело в пользу Шлёцера.
В черновых бумагах Ломоносова сохранились такие замечания: «Все удивляются, что профессор Миллер (за) диссертацию, в которой нашлись сатирические некоторые выражения, штрафован был не токмо уничтожениям оныя; но и понижением чина и убавкою жалования и публично тем обруган, несмотря на долговременную его службу. Ныне Шлёцер, новоприезжий, еще за большие наглости вдруг награжден чином и жалованьем ординарного профессора с преимуществами, каковых никогда славнейшие в свете профессоры не имели».
Даже Миллер был огорошен таким поворотом дела и открыто присоединился к Ломоносову, отважившемуся противодействовать указу. Они добились некоторых изменений в контракте со Шлёцером. Но враги Ломоносова торжествовали. «Тауберт и его креатуры разносят по городу копии безвестной Шлёцеровой на Ломоносова жалобы». — пишет Ломоносов. Это же подтверждает в своих мемуарах и Шлёцер, сообщающий, что Тауберт «велел тотчас перевести мой ответ на русский язык, сделать множество немецких и русских копий и разослать повсюду», то есть явно в целях подорвать авторитет Ломоносова.
О том, как тяжело переносил эту новую опалу Ломоносов, говорит небольшая сохранившаяся его записка «для памяти», которая дышит подлинным отчаянием: «Беречь нечево! Все открыто Шлёцеру сумасбродному. В российской библиотеке нет больше секретов. Вверили такому человеку, у коего нет ни ума, ни совести, рекомендованному от моих злодеев. За то терплю, что стараюсь защитить труд Петра Великого, чтобы выучились россияне, чтобы показали свое достоинство». Но Ломоносов верит в силы русского народа и знает, что он не будет вечно терпеть обнаглевших иноземцев, попирающих его священные права. «Ежели не пресечете, великая буря восстанет», — пророчески говорит он в конце своей записки, словно прямо обращаясь к правящей верхушке, предающей интересы русского народа.
Статский советник и профессор Ломоносов умирал трудно и одиноко. Отяжелевший, но все еще порывистый и беспокойный, он лежал в притихшем большом доме. В саду наливались соком посаженные им деревья. Весенний ветер стучал в окна.
В мозаичной мастерской стояли недоконченные картины.
Ломоносов знал, что он умирает. «Я не тужу о смерти: пожил, потерпел и знаю, что обо мне дети отечества пожалеют», — записал он. Но его тревожила судьба его дела. Порой ему казалось, что вся напряженная борьба, которую он вел, пошла насмарку.
Он сполна узнал цену милостям императрицы и видел, что национальные начала русской науки, которые он развивал, снова поставлены под угрозу. Он не скрывает своих мрачных раздумий. Даже обходительному, но, в сущности, очень безразличному к нему Якобу Штелину Ломоносов сказал: «Друг, я вижу, что я должен умереть, и спокойно и равнодушно смотрю на смерть. Жалею токмо о том, что не мог я свершить всего того, что предпринял я для пользы Отечества, для приращения наук и для славы Академии и теперь при конце жизни моей должен видеть, что все мои полезные намерения исчезнут вместе со мной…»
Прислушивавшиеся к каждому слову царицы придворные, преисполненные сознанием своей значительности, невежественные вельможи, юлящие вокруг них иноземцы, погрязшие в канцелярщине чиновники откровенно радовались, что уходит, наконец, надоедливый человек, мечущийся и хлопочущий о чем-то на смертном своем одре.
И вот 4 апреля (по старому стилю) 1765 года, около пяти часов дня, перестало биться горячее сердце Ломоносова. Весть об этом во дворец привез поклонник Ломоносова Семен Порошин, воспитатель десятилетнего наследника престола Павла. «Приехав, я сказал ему о смерти Ломоносова. Ответил: «что о дураке жалеть, казну только разорял и ничего не сделал». По-видимому, так же судили при дворе его матери, «просвещенной» Екатерины.
Едва остыло тело Ломоносова, как к нему в дом прибыли посланцы Екатерины. «На другой день после его смерти, — сообщал Тауберт в Москву Миллеру, — граф Орлов велел приложить печати к его кабинету. Без сомнения, в нем должны находиться бумаги, которые не желают выпустить в чужие руки». Бумаги эти исчезли бесследно.