Наследники Ральфа, став владельцами поместья Кларкенуэлл, пожертвовали землю и постройки двум религиозным организациям. Примерно там, где сейчас стоит церковь Сент-Джеймс, возник женский монастырь Сент-Мэри, а немного юго-восточней, по другую сторону Кларкенуэлл-грин, был основан монастырь рыцарей-госпитальеров Сент-Джон-оф-Джерусалем. Так что начиная со Средних веков Кларкенуэлл знали и отличали по его связям с религиозным, духовным миром. Будучи первым монастырем, принадлежащим Ордену иоаннитов (госпитальеров), Сент-Джон-оф-Джерусалем служил сборным пунктом для крестоносцев; постепенно он рос и присоединял к себе соседние участки. Женский монастырь Сент-Мэри тоже не упускал случая расшириться, но, как всегда бывает, жизнь города в свой черед нет-нет да и прорывалась сквозь его стены.
В 1301 году настоятельница обратилась к Эдуарду I с петицией, прося «дать управу и избавление, потому как люд лондонский топчет и губит монастырские поля и луга своими мираклями и состязаниями в борьбе, а доходу от них никакого нет и не будет, ежели только король не возымеет жалость, ибо дикие они люди и мы ничего супротив них не можем и закон не спасает». Это одна из первых характеристик лондонцев как «диких» людей, и интригующе звучит замечание настоятельницы о том, что миракли — «их» затея; это бросает совершенно иной свет на средневековый театр, который считается всецело религиозным. Двумя поколениями позже монастырь Сент-Джон подвергся еще более «дикому» и яростному нападению: в 1381 году люди Уота Тайлера подожгли в каменных зданиях ордена то, что могло гореть. Монастырь сильно пострадал, хоть и не был полностью разрушен, а настоятеля обезглавили на месте, ибо он был главным сборщиком налогов для короля Ричарда II. Стоя лагерем на Кларкенуэлл-грин, люди Тайлера глядели, как полыхают зал собраний и опочивальня рыцарей, а вместе с ними — контора, винокурня, прачечная, скотобойня, конюшни и многие другие помещения. Казалось, что весь Кларкенуэлл в огне.
Одной из самых известных улиц округи была Тернмилл-стрит, получившая такое название благодаря мельницам (mills) на реке Флит. Ее называли также Тернбулл-стрит (bull — бык) из-за пересекавших ее гуртов скота, который гнали к Смитфилдскому рынку. В конце XII века из-за «грязи, навоза и прочего», что сбрасывалось во Флит, санитарное благополучие района оказалось под угрозой; столетие спустя Генрих IV приказал «прочистить реку». Он также обязал власти «починить каменный мост около Тримилл-стрит». Это был отдаленный предок моста над линией метрополитена, который чинили в конце 1990-х годов.
Общественные работы не могли, однако, повысить общественную репутацию Кларкенуэлла; находясь за чертой города, он стал прибежищем отверженных и тех, кто не хотел жить по закону. Так с самого начала он сделался обиталищем группировок, стремившихся отделиться и отмежеваться. В 1414 году некто Уильям де Парчментер с Тернмилл-стрит приютил лолларда — сэра Джона Олдкасла — и был за такое гостеприимство повешен, выпотрошен и четвертован. Позднее Кларкенуэлл давал приют иезуитам и иным противникам англиканской церкви — район «прослыл папистским логовом»; в конце XVI века на Кларкенуэлл-грин были казнены трое подозреваемых в католицизме. Под угрозой новых преследований католики ушли, чтобы 235 лет спустя вернуться в новом обличье: Кларкенуэлл стал итальянским кварталом. В промежутке в этом районе собирались разнообразные диссидентские религиозные группы — квакеры-либертарианцы, браунисты, фамилисты, схизматики (тайные католики). Еще одно проявление лондонской преемственности — на сей раз в гонениях и бунтарстве. Впоследствии район облюбовали франкмасоны, чья штаб-квартира находилась в «доме заседаний» на Кларкенуэлл-грин.