В июне 1170 года Генрих Молодой, сын и наследник Генриха II, был коронован в Йорке. Церемонию совершили архиепископ Йоркский и епископы Лондона и Солсбери, хотя традиционно английских королей венчали на царство архиепископы Кентербери. Протест Бекета был на этот раз поддержан Александром III, угрожавшим Генриху II интердиктом. Двадцать второго июля 1170 года Генрих II, находившийся в этот момент в Нормандии, примирился с Бекетом. В качестве знака королевского раскаяния Томас Бекет потребовал от короля опубликовать в Англии папские послания, осуждавшие Кларендонские конституции, и отлучить от церкви епископов, венчавших Генриха Молодого. Тем не менее Генрих II позволил Томасу Бекету вернуться в Англию.
Томас Бекет вернулся из изгнания с триумфом: его и лодку, в которой он высадился на берег, восторженные богомольцы несли на руках до Кентербери. Видя такой энтузиазм, Бекет немедленно отлучил от церкви трех епископов. Узнав об этом, находившийся в Нормандии Генрих II, как гласит легенда, вскричал: «Неужели никто не избавит меня от этого мятежного попа?» И тогда четверо рыцарей восприняли слова короля как приказ и немедленно отбыли в Кентербери.
Рыцари накинули плащи на свои доспехи и спрятали оружие у входа в Кентерберийский собор. Встретив архиепископа, они сообщили ему, что король вызывает его для суда в Винчестер, но Бекет отверг это требование. Рыцари вернулись за оружием и, уже вооруженные, ворвались в собор. Они настигли Бекета на ступенях, ведущих к алтарю, и зарубили его мечами. Последними словами Бекета были: «Я принимаю смерть во имя Господа и отдаю свою душу на суд Божией Церкви».
Жуткое убийство архиепископа у алтаря в кафедральном соборе потрясло средневековую Европу. Уже в 1173 году папа Александр III причислил священномученика к лику святых. Культ святого быстро распространился по Европе: уже в XII веке его изображения появляются на Сицилии и в Кастилии. В Англии гробница Томаса Бекета стала местом массового паломничества. Традиционный маршрут паломников начинался в Саутворке (здесь 23 декабря 1170 года последний раз проповедовал архиепископ перед отправлением в Кентербери) и продолжался до Кентербери. Люди шли к гробнице таким потоком, что пришлось восстанавливать давно разрушенный Лондонский мост.
В ужасе перед злодеянием, которое было совершено от его имени, король трое суток не выходил из своей спальни и отказывался от пищи. Над Генрихом II опять нависла угроза отлучения от церкви, и он с большим трудом сумел ее отвести, покаявшись перед гробницей своей жертвы. Король подвергся унизительному бичеванию, а потом целую ночь провел в храме, моля о прощении.
Трагическое столкновение двух бывших друзей вдохновило драматурга Жана Ануя, написавшего пьесу «Бекет». В уста Генриха он вложил слова: «Ну, как, Томас Бекет, ты доволен? Я стою голый перед твоей гробницей, и сейчас твои монахи придут стегать меня бичами. Вот чем кончилась наша с тобой история! Ты гниешь в этой могиле, заколотый кинжалами моих баронов, а я, как дурак, мерзну голый на сквозняке, дожидаясь, когда эти скоты набросятся на меня. Разве не лучше было бы нам договориться между собой?»
Седьмого июля 1220 года мощи святого, хранившиеся в крипте собора, были перенесены в роскошную раку в капелле Святой Троицы Кентерберийского собора.
Во время английской Реформации в 1538 году по приказу Генриха VIII гробница Томаса Бекета была вскрыта; принесенные в дар святому и украшавшие ее ценности были конфискованы; один из бриллиантов поместили в королевский скипетр. В том же году был издан официальный запрет именовать Бекета святым, из церквей были изъяты его изображения, а из богослужебных книг — все упоминания о нем.
Маргарет Поул, графиня Солсбери, в девичестве Маргарет Йорк (14.08.1473–27.05.1541), была дочерью Джорджа, герцога Кларенса, брата короля Эдуарда IV и короля Ричарда III. Кроме того, Маргарет была одной из двух в XVI веке женщин-пэров. Когда между Йорками и Ланкастерами разыгралась Война Алой и Белой розы, ей, как представительнице династии Плантагенетов, с трудом удалось уцелеть. Но от судьбы не уйти: в 1541 году, в возрасте 70 лет, Маргарет Поул все-таки казнили по распоряжению Генриха VIII, который, между прочим, приходился ей родней — сыном ее кузины Элизабет Йорк. Обвинили ее в католическом заговоре против Генриха VIII: ее сын Реджинальд, папский легат и последний архиепископ Кентерберийский, был яростным противником брака Генриха с Анной Болейн и не стеснялся прилюдно высказывать свою точку зрения по этому поводу. Бояться ему было нечего — Реджинальд жил за пределами Англии. Кроме того, семья Солсбери владела обширными землями на юге Англии, стратегически удобными для отражения врагов, а после казни они отошли короне.