Частная жизнь Карла была безукоризненна; он обладал вкусом в литературе и искусстве, но у него не было самых существенных качеств короля. По отношению к любимцам он, как и Ричард II, обнаруживал привязанность, доходившую до слабости, двоедушие считал политической мудростью и легко нарушал свои обещания.
Карл был признан виновным как тиран, изменник и враг отечества и приговорен к смерти. Тридцатого января 1649 года Карл был обезглавлен в Уайтхолле. В предсмертной речи он заявил с эшафота собравшейся толпе: «Я должен сказать вам, что ваши вольности и свободы заключены в наличии правительства, в тех законах, которые наилучшим образом обеспечивают вам жизнь и сохранность имущества. Это проистекает не из участия в управлении, которое никак вам не надлежит. Подданный и государь — это совершенно различные понятия».
За несколько минут до казни Карл I продолжал отстаивать власть монарха.
После свершения казни палач поднял голову бывшего короля, но слова «вот голова изменника» (традиционные при казни изменников и врагов государства) не были произнесены. Современники отмечают близкое к шоковому состояние толпы. Беспрецедентный в истории случай: голову короля пришили обратно к телу, чтобы родственники имели возможность достойно проститься и похоронить его. Тело Карла было отвезено в Виндзор, где и было погребено 8 февраля в часовне Генриха VIII.
Не все из детей казненного короля смогли порадоваться реставрации монархии и воцарению своего самого старшего брата, ставшего Карлом II. Принцесса Елизавета пережила отца всего на год, две другие сестры, Мария и Генриетта, вышли замуж, но умерли совсем молодыми. В сущности, из всей семьи у короля Карла II оставался только Иаков (Джеймс), герцог Йоркский. Ему, своему единственному остававшемуся в живых брату, король и отдал дворец-тезку.
Итак, Сент-Джеймсский дворец снова стал семейным гнездом, как это было при Карле I. В 1662 и 1665 годах на свет появились дочери герцога и его первой супруги, Анны, принцессы Мария и Анна, которые впоследствии по очереди стали королевами Англии (сама лее герцогиня Йоркская скончалась в 1671 году, в этом же дворце).
Хотя Карл II жил в другом дворце, и он, и в особенности его придворные часто навещали Сент-Джеймс — относительно уединенный, рядом с которым был «огромный луг, всегда зеленый, по которому летом прохаживались дамы», был весьма привлекателен для веселых прогулок. У некоторых же придворных дам были там и свои покои, в частности у Барбары Палмер, Луизы де Керуайль и Гортензии Манчини — прекрасных, но капризных королевских фавориток. Луга и охотничий парк, разделявшие Уайтхолл и Сент-Джеймс, привели в порядок; советы по благоустройству давал будущий главный садовник Версаля, так что вскоре сады около Сент-Джеймса стали еще более популярны. Настолько, что о так называемом «пруде Розамонды» говорили, что каждый год там появляется около тысячи рогоносцев.
Когда в 1685 году герцог Йоркский сменил на троне своего брата и стал королем Иаковом II, он переехал в главную королевскую резиденцию — дворец Уайтхолл. Сент-Джеймс же перешел к его второй супруге, Марии Моденской. Очаровательная Мария, единственная дочь Альфонсо IV д'Эсте, герцога Моденского, была младше своего супруга на двадцать пять лет, но брак оказался весьма удачным. За исключением одного — Мария была католичкой, как и две ее предшественницы — королева-француженка Генриетта Мария, супруга Карла I, и королева-португалка Катерина Браганца, супруга Карла II. Сам король Иаков тоже был католиком, и политическое напряжение в стране, в частности межу католиками и протестантами, нарастало.