Хотя в 1997 год десятилетний срок давности для преследования по Статье 793 закончился для его раскрытия информации в 1985 году, Ли, вероятно, чтобы избежать более тяжелого обвинения в шпионаже, согласился признать себя виновным в нарушении менее жесткого закона, в том, что «преднамеренно сообщил» китайцам «информацию, касающуюся национальной обороны» и сделал так, «имея основания полагать, что информация могла использоваться к выгоде Китайской Народной Республики». Он также признал себя виновным в том, что дал ложные сведения в анкете, заполненной после путешествия, о своих контактах с иностранными чиновниками во время поездки 1997 года. По двум объединенным обвинениям, которые правительство рекомендовало использовать одновременно, Ли угрожали десять лет тюремного заключения и штраф 250 000 долларов.
Ли таким образом признал себя виновным в выдаче в 1985 году информации о своей работе с лазерами над управляемым термоядерным синтезом с инерционным удержанием. В соглашении о признании вины не было никакого упоминания о данных о методах обнаружении субмарин с использованием радара, которые он раскрыл в 1997 году. Флот добился своего: не было бы никакого процесса и обсуждения в зале суда, где говорилось бы о слежении за подводными лодками.
Флот, впрочем, хотел достичь этого двумя путями. Два года спустя, когда проект Доклада Кокса о китайском шпионаже негласно циркулировал по правительственным учреждениям, высокопоставленные руководители ВМС почувствовали тревогу из-за того, чего они добились. Проект Доклада Кокса, так же как его опубликованная версия, говорил, что раскрытая Ли информация об обнаружении подводных лодок под водой, могла дать возможность вооруженным силам Китая «угрожать ранее неуязвимым американским ядерным субмаринам».
Это казалось разумным выводом; если бы радар мог использоваться для обнаружения подводных лодок, движущихся ниже поверхности моря, то подлодки больше не были бы неуязвимы. Но с точки зрения ВМС это вообще никуда не годилось, если бы общественность думала, что субмарины с ядерным вооружением, одна из составных частей американской триады ядерного устрашения, больше не были в безопасности.
Стивен У. Престон, главный юрисконсульт ВМС, написал письмо Коксу и Норму Диксу, конгрессмену-демократу, занимающему важное положение в комитете, с возражениями против формулировки доклада. Как высказался Престон перед юридической подкомиссией, у Доклада Кокса «был потенциал создания широко распространенного неправильного восприятия, что из-за раскрытия информации, совершенного Ли, подводные силы оказались уязвимыми для противников».
Как часть соглашения о признании вины Ли должен был согласиться на допросы ФБР и ответить на все их вопросы. В свою очередь, правительство сказало, что оно «рекомендует короткий срок лишения свободы».
Сделка была окончательно заключена Джеймсом Д. Хендерсоном, адвокатом Ли, прежним федеральным прокурором в Лос-Анджелесе, и Шапиро. Утром 26 марта 1998 года Ли, Шапиро и Хендерсон предстали перед судьей Терри Дж. Хэттером в федеральном окружном суде в Лос-Анджелесе.
Хендерсон первым нанес удар. Он приложил все усилия, чтобы попытаться убедить судью не сажать Ли в тюрьму. — Не все должны попадать в тюрьму, — сказал он. Ли, как он уверял, был «не тем типом человека, которому место в тюремной камере».
Когда Ли раскрыл информацию в Китае, аргументировал Хендерсон, он был в настроении учителя, пытаясь только помочь другим ученым, и «его одолело желание помочь им». Это было только «научным делом». — Эго Ли тут победило его самого.
На Шапиро такие аргументы совсем не подействовали. — Он лгал, — возражал прокурор. — Он поставил под угрозу безопасность проектов, над которыми работал… Вместо того чтобы служить Соединенным Штатам, как он поклялся, он попытался помочь Китаю. Шапиро сказал, что Ли участвовал в «образцовом обмане». В драматической манере обвинитель в суде расписывал «хольраум», связывая его с «конструкцией ядерного оружия».
Наконец настал момент выступления самого Питера Ли. Он признался в «вопиющей ошибке» и добавил, «меня увлек дух профессионального товарищества…. Я признаю, что я нарушил священную клятву не обсуждать секреты. Я глубоко сожалею и раскаиваюсь в своих действиях…, и я хотел бы попросить о мягкости. Пожалуйста, ваша честь, не сажайте меня в тюрьму».
Хэттер сомневался в объяснении Ли, что его, мол, «увлекло» в разговоре с китайскими учеными. — Хорошо, позвольте мне остановить вас на минутку, — сказал судья. — Здесь же не только ваши действия тринадцать лет назад, но есть и другой пункт, ваши ложные утверждения намного позже.