В этот момент в Париже Грандье представил свою жалобу Парламенту, а затем, благодаря Д'Арманьяку, удостоился личной аудиенции у его величества. Глубоко растроганный горестной повестью об оскорблении, нанесенном духовному лицу, Людовик XIII распорядился немедленно восстановить справедливость, и уже через несколько дней Тибо получил вызов на парламентский суд. Он неукоснительно повиновался, однако прихватил с собой епископский приказ. Судьи разобрали дело. Все обстоятельства вроде бы были в пользу священника, но тут Тибо эффектно предъявил распоряжение епископа судьям. Те прочли документ и немедленно отложили рассмотрение дела на неопределенный срок. Пусть Грандье сначала уладит отношения с церковным начальством. Таким образом, враги священника на сей раз одержали верх.
Тем временем в Лудене началось официальное расследование неблаговидных поступков святого отца. Поначалу расследованием руководил непредвзятый лейтенант гражданских дел Луи Шове, но, поняв, что дело нечисто, устранился. Тогда за расследование взялся городской прокурор, которого заподозрить в беспристрастности было невозможно. Тут-то обвинения посыпались одно за другим. Преподобный Месшен, один из викариев церкви Святого Петра, сообщил, что собственными глазами видел, как кюре предается страсти прямо на полу храма (вообще-то слишком жестком и холодном для подобных упражнений). Еще один священник, преподобный Мартен Бульо, спрятавшись за колонной, наблюдал, как Грандье разговаривал с мадам де Дрё, покойной тещей судебного пристава господина де Серизе. Только и всего. Однако Тренкан внес в показания Бульо небольшую поправку. Первоначально в них значилось, что кюре «вел с вышеозначенной дамой какую-то беседу». Теперь же, в исправленном виде, свидетельское показание стало выглядеть так: «беседуя с вышеозначенной дамой, взял ее за локоть». Пожалуй, не хватало только показаний тех свидетелей, чьи слова произвели бы наибольшее впечатление на судей — легкомысленных служанок, неверных жен, веселых вдовушек, а также Филиппы Тренкан и Мадлен де Бру.
По совету губернатора Д'Арманьяка, обещавшего обратиться с письмом к епископу и к «блюстителю пристойности», Грандье принял решение добровольно явиться на суд к господину де ла Рошпозе. Тайно вернувшись из Парижа, он провел дома всего одну ночь, а на рассвете снова сел в седло. Но уже к завтраку аптекарь знал о случившемся. Час спустя Тибо, прибывший в Луден двумя днями ранее, уже скакал галопом по дороге, ведущей в Пуатье. Не теряя времени, он сразу же отправился в епископский дворец и сообщил властям, что Грандье находится в городе и хочет избежать унизительного ареста, добровольно сдавшись. Этого нельзя допустить ни в коем случае. «Блюститель пристойности» был того же мнения. Когда Грандье шел пешком к епископскому дворцу, его арестовал сержант полиции и, невзирая на протесты, доставил в церковную тюрьму — впрочем, без признаков сопротивления.
Епископская тюрьма располагалась в одной из башен дворца его преосвященства. Кюре был вверен попечению главного тюремщика Люкаса Гулье, который запер арестанта в сырой и темной камере. Произошло это 15 ноября 1629 года. Со дня драки с Тибо миновало меньше месяца.
Невзирая на холод, заключенному не позволили послать за теплой одеждой, а несколько дней спустя, когда явилась его мать, ей не разрешили встретиться с сыном. Две недели Грандье промучился в заточении, а затем написал господину де ла Рошпозе жалостное письмо. «Ваше преосвященство, я всегда знал и наущал других, что истинный путь к просветлению дает страдание, но у меня доселе не было возможности убедиться в справедливости этой истины — до тех пор, пока по Вашей безграничной милости Вы, озабоченный спасением моей заблудшей души, не соизволили поместить меня в сию темницу, где за пятнадцать дней невыносимых страданий я приблизился к Господу более, чем за все сорок лет предшествующего благоденствия», — так начиналась эта эпистола. Далее следовал витиеватый литературный пассаж, полный метафор и библейских аллюзий. В частности, там говорилось, что Господь «в безграничной Своей мудрости соединил в едином облике человека и льва, а иначе говоря — Вашу умеренность с ожесточением моих недругов, которые, желая погубить меня, подобно Иосифу, сами того не ведая, помогли мне приблизиться к Царству Божию. Вследствие этого ненависть и вражда, терзавшие грешника, превратились в христианскую любовь, а жажда мести сменилась еще более неистовым желанием воздать добром за зло». После цветистого отступления о Лазаре кюре умолял епископа помиловать его и выпустить из заточения, ибо цель сего сурового наказания безусловно уже достигнута.