Болельщики, бывшие игроки, эксперты и даже совет директоров «Баварии» призывали ван Гала усилить летом команду, однако тот отказался. Он предпочитал работать с уже имеющимися игроками и помогать им прогрессировать, приучая их к своему стилю игры. Его поддержку получил молодой голкипер Томас Крафт, а Диего Контенто был призван решить все проблемы на левом фланге обороны. Впрочем, наибольшего доверия удостоился молодой австриец Давид Алаба, который из-за травмы практически и не играл. Ван Гал говорил: «Нам не нужен Сами Хедира, у нас есть Давид Алаба». Это было не единственное предсказание ван Гала, которое не сбылось. Обжегшись на регулярной ротации состава в «Барселоне», ван Гал желал иметь более постоянный состав команды. Однако нехватка здоровых и компетентных защитников означала постоянную карусель игроков в обороне команды.
Ван Гал предсказывал, что Тони Кроос, Брено и Хольгер Бадштубер должны будут в новом сезоне сделать большой шаг вперед. Бадштубер, «не левый защитник, а центральный полузащитник», в итоге оказался самым стабильным центральным защитником, за которым, как ни удивительно, следовал только Анатолий Тимощук – игрок, мнение ван Гала о котором резко поменялось в положительную сторону. Зато Брено постоянно получал травмы, и в проигранном матче с «Шальке 04» его безжалостно обыграл Рауль. Кроос же не смог вернуться на уровень игры, показанный им во время аренды в леверкузенском «Байере», где он запомнился великолепными дальними ударами. Кроме того, его использовали на разных позициях, в том числе как одного из двух контролирующих полузащитников.
Еще одним скверным событием сезона стал драматичный уход из клуба Марка ван Боммела, даже не попрощавшегося с тренером: «Мы пожали друг другу руки, и все», – сказал ван Боммел по этому поводу. Несмотря на его важную роль для команды, во время зимнего перерыва ему разрешили перейти в «Милан». Говорят, ван Гал собирался отправить капитана «Баварии» в запас, отдав предпочтение Тони Кроосу и купленному в январе Луису Густаво, однако Румменигге признавал, что руководство «Баварии» не было довольно уходом ван Боммела. Тем временем сам голландский футболист не скрывал, что причиной его ухода из мюнхенского клуба был ван Гал: «Каждый знает, в чем тут дело, и я не думаю, что должен критиковать тренера. Я не хотел уходить, но это было спортивное решение. Никаких проблем с клубом у меня не было». Уходя, ван Боммел поблагодарил каждого работника в клубе, от смотрителя стадиона до президента, но при этом не сказал ни слова ван Галу.
Несмотря на уход ван Боммела, дела у «Баварии», казалось, стали поправляться, и ван Гал вовсю расхвалил команду после победы 3:1 над «Вердером» в конце января: «Надо отдать должное команде. Мы теперь на месте, дающем право на участие в Лиге чемпионов, – именно этого мы и хотели. К тому же мы забили три гола, невероятно». Собственно, в шести последовательных соревновательных матчах (включая игру против «Вердера») «Бавария» забила 24 гола, доведя общий счет забитых мячей во всех соревнованиях до 74, – лучший результат среди всех клубов Бундеслиги. Три завоеванных очка также позволили «Баварии» подняться на третью строчку в турнирной таблице, впервые за весь сезон достигнув места, гарантирующего участие в Лиге чемпионов. В этой ситуации Румменигге снова встал на защиту своего неоднозначного тренера: «Именно такой тренер нам и нужен. Мы не можем его ни в чем упрекнуть, мы ему полностью доверяем. Он не самый приятный человек, с ним нелегко иметь дело. Его бескомпромиссная честность и открытость могут вызывать конфликты, но он великолепный футбольный наставник и тренер».
Как обычно, не все с этим были согласны. Бывший нападающий «Баварии» Лука Тони рассказал немецкому журналу Sport Bild об одном случае, когда ван Гал доказал суперзвездам мюнхенского клуба, в том числе голландцу Арьену Роббену и немцам Филиппу Ламу и Бастиану Швайнштайгеру, что у него хватит мужества избавиться от любого игрока – и от своих штанов. «Я никогда еще не встречал такого человека, как он, – вспоминал Тони. – Я помню, как он однажды ясно дал понять, что не побоится убрать любого из так называемых знаменитых игроков. Он просто взял и спустил штаны, чтобы показать нам, что у него хватит на это смелости. К счастью, я сидел не в первом ряду, поэтому ничего особо рассмотреть не успел. Он сумасшедший тренер, который не знает, как обращаться со своими игроками. Такие люди, как он и Феликс Магат, – представители другого поколения, и они не могут справляться с тем, как игроки ведут себя в наши дни. Современные футболисты хотят общаться со своим тренером, но с ван Галом это просто невозможно. Все идет только так, как хочет он». Во время матча в Кельне об этом помнили, и часто по ходу встречи местные болельщики призывали ван Гала спустить штаны. «Бавария» проиграла 2:3, ведя по ходу встречи 2:0, и на следующий день немецкие газеты вышли с заголовками в стиле «Ван Гал снова потерял штаны».