В свою очередь Чезаре покинул Рим, чтобы продолжить завоевание Романьи. В его отсутствие Александр VI употребил все свои силы, чтобы снова завоевать сердце Лукреции. Он снова окружил ее нежным вниманием, теперь он обращался с ней, как старый семидесятилетний отец с двадцатилетней дочерью, которую надо вновь научить жить. Современник, некий Себастьяно ди Бранки Таделли в своем «Римском дневнике» пишет, что «папа настолько любил герцогиню Бишелье, что появлялся у окна вместе с ней, дабы всякий, кто захочет, мог их увидеть». Хвастовство родителя, гордого своим потомством, дало повод некоторым авторам выдвинуть гипотезу, что Лукреция стала или вновь стала любовницей своего отца. Бурхард, видевший их ежедневно, сообщает, что понтифик называл свою дочь «figliola carissima» или «ama"ussima», однако те современники, что были далеко от Рима, как, например, Джованни Понтано, основатель Неаполитанской академии, или Саннадзаро, прозванный «христианским Вергилием», оба преданные арагонцам, подхватили слова Джованни Сфорца и опубликовали по поводу этого тройного «инцеста» колкие и легко запоминающиеся эпиграммы, как, например, следующий дистих:
Чтобы не упоминать Александра VI, автор намекает на изнасилование Лукреции Сикстом Тарквинием:
В дистихе Саннадзаро слово «невестка» используется, чтобы показать, какие отношения существовали между Лукрецией и ее братьями — Чезаре и Хуаном. Если папа не придавал никакого значения этим выпадам, то Лукрецию мучили эти злобные и клеветнические сочинения. Ее манера держать боль при себе, не рассказывая о ней никому, шокировала римское общество, лишенное таким образом возможности посочувствовать, как обычно делалось при всяком несчастье. За исключением близких Алонсо, с которыми она продолжала видеться, все ее знакомые литераторы и художники уже начинали подумывать, что ее желание страдать в одиночестве было с ее стороны дерзким вызовом.
Хотя она отгородилась от мира, но даже до нее долетела молва: бегство Джованни Сфорца в Мантую к Франческо Гонзага, триумфальный въезд ее брата в Пезаро, его растущая популярность во всей Романье, где народ приветствовал его, а исконные владельцы земель боялись и сдавались один за другим. Однако до Рима доходили и менее приятные слухи, например о похищении красавицы Доротеи Караччоло, вызвавшем возмущение Людовика XII и послов Венеции. Она будет возвращена мужу только четыре года спустя (возможно, жертву так долго держали в заточении не без ее согласия). Казалось, все покорились Чезаре, все спешили поступить к нему на службу, даже Леонардо да Винчи, в отчаянии от падения Лодовико Моро, искал места и стал советником герцога Валентинуа в военном искусстве.
Однако в Риме и в особенности в Ватикане атмосфера была напряженной. Известие о том, что графиня Форли заключена в замок Святого Ангела, было не по вкусу королю Франции. Он предъявил Александру VI требование освободить ее, хотя Чезаре не послушал его, по-прежнему опасаясь, что Катарина Сфорца, «у которой полно тайных сторонников и любовников по всей Италии и которая соблазнила бы самого дьявола, лишь бы вернуть свои владения, будет мстить». Однако теперь им приходится уступить, и «эта дщерь погибели и беззакония», внезапно превратившаяся в «благородную даму Катарину Сфорца, нашу возлюбленную дочерь во Христе», была милостиво выпущена на свободу в марте 1501 года. Из дворца своего племянника кардинала Риарио она вскорости сбежала, чтобы морем добраться до земель Медичи.
Чезаре тяжело пережил это поражение, сделавшее его всеобщим посмешищем.