В восемь часов утра Совет был в полном составе. Генрих III приказал государственному секретарю Револю идти к Гизу и сказать, что король ждет его в своем кабинете. Услышав сообщение, Гиз поднялся и ушел, держа в руках бонбоньерку и платок. Ему оставалось жить всего несколько минут.
У дверей в королевский кабинет охрана приветствовала герцога, пропустила его и тотчас прошла следом, чтобы не оставить пути к отступлению. Гиз почувствовал опасность. Он обернулся, и на него немедленно напали. Герцог запутался в плаще и не смог достать свою шпагу. Таким образом, ему приходилось защищаться только руками и бонбоньеркой.
Гиз успел воскликнуть только: «О, господа!» и еще «О! Какое предательство! О, боже, пощадите!» Король при этом вошел в кабинет и некоторое время стоял, глядя на происходящее. В зале Совета царило всеобщее смятение. Едва раздался шум, архиепископ Лионский хотел войти в королевский кабинет; ему удалось услышать последние крики герцога Гиза.
Как только архиепископ обернулся, как увидел, что комната уже до отказа заполнена солдатами и гвардейцами, которые немедленно арестовали архиепископа и кардинала де Гиза, попытавшегося бежать, но безуспешно. Остальные члены семьи Гизов, находившиеся во дворце, также были арестованы. Кардинал де Бурбон по болезни не мог встать с постели; к нему приставили охрану. После того как Гиз был убит, Генрих III объявил Совету, что теперь он ждет безоговорочного подчинения себе как единственному королю. Желая оправдать свой поступок, Генрих направил парламентам и правителям провинций и главных городов послания, в которых мотивировал принятое им решение казнить герцога Гиза так: «Его амбиции стали невыносимы, он думал вскоре осуществить свой замысел, включавший в себя, ни много ни мало, как лишение меня короны и жизни».
После убийства Гиза волнения охватили всю страну, однако настоящим центром возмущений стал Париж. Королю пришлось укрыться в Сен-Клу. 1 августа 1589 года туда прошел якобинский монах, человек небольшого роста, с большими глазами и черной бородой. На расспросы солдат он назвался Жаком Клеманом и сказал, что идет из Парижа с поручениями от президента де Арле и прочих преданных слуг короля. По его просьбе монаха сопровождали до самого дома короля.
Когда прибыли на место, короля не застали. Ля Гесл решил привести монаха к Генриху III на следующее утро. Короля неоднократно предупреждали о возможности покушения, но он, подобно герцогу Гизу, не внял предостережениям. Монахам король доверял безгранично.
На следующий день Ля Гесл и монах вошли в спальню короля. Генрих III только что проснулся и сидел на постели, едва одетый. Ля Гесл взял из рук Клемана паспорт графа де Бриенна и подал королю. Его Величество быстро просмотрел бумагу и приказал монаху приблизиться. Якобинец произнес: «Сир, господин первый президент чувствует себя хорошо и целует вам руки». После этого он заявил, что ему необходимо поговорить с королем наедине.
Генрих III привык быть доступным; кроме того, он видел, что монах не может говорить вслух, а потому сказал: «Подойдите!» Ля Гесл отодвинулся, а монах подошел к королю почти вплотную. Король спросил, нет ли у него еще писем, и жестом показал, что готов слушать. Клеман наклонился, сделав вид, что собирается достать бумаги, а сам в это время выхватил нож и ударил им короля в живот. «А, Боже мой! Этот несчастный ранил меня!» – воскликнул король. Он вынул нож из раны и оттолкнул монаха. Ля Гесл бросился на преступника, хотя не собирался его убивать. Однако на шум прибежала охрана; Клемана убили и выбросили во двор. После этого Генрих III прожил меньше суток.
О последних часах короля известно из записок Карла Валуа, который одним из первых прибежал в спальню короля и нашел его на постели в испачканной кровью рубашке. Генрих III взял его за руку и произнес: «Сын мой, не волнуйтесь, эти злые люди хотели меня убить, но Господь меня сохранил: это все ерунда». Генрих на самом деле думал, что всего лишь легко ранен. Сразу же вызвали хирургов Портея и Пигре. Портей осмотрел рану и сказал по-латыни о серьезных повреждениях внутренностей, но короля ободрил, пообещав, что через десять дней Его Величество сможет ездить на лошади, после чего обработал и перевязал рану. В это время король спокойно рассказывал присутствующим о том, что произошло. Он не чувствовал боли. Потом Генрих III выслушал мессу и причастился.