В 1936 г. состоялась IV сессия ВАСХНИЛ, на которой наиболее крупные растениеводы страны подвергли уничтожающей критике ряд положений Лысенко. Однако Лысенко предпринял все меры, чтобы научную дискуссию на сессии превратить в дискуссию идеологического и философского характера. Вскоре значительная часть специалистов, критиковавших линию Лысенко, были арестованы и расстреляны.
Выступления против Н. И. Вавилова и генетиков в 1938–1939 гг. приобрели характер травли. Были арестованы и затем расстреляны преемники Вавилова на посту президента ВАСХНИЛ Г. К. Мейстер и А. И. Муралов. Аресту А. И. Муралова предшествовала кампания по выявлению в ВАСХНИЛ «врагов народа». На активе ВАСХНИЛ Лысенко и Презент разоблачили «крупные ошибки» Муралова, которые сводились лишь к тому, что он не поддерживал их безоговорочно. В газете «Соцземледелие» 11 января 1938 г. была опубликована статья «Оздоровить академию сельскохозяйственных наук, беспощадно выкорчевать врагов и их охвостье из научных учреждений». Во «враги народа» попали Н. И. Вавилов, М. М. Завадовский, П. Н. Константинов. Даже Академия наук СССР вынесла в 1938 г. решение с обвинениями в адрес Н. И. Вавилова:
«Институт генетики АН СССР не только не боролся с враждебными вылазками на биологическом фронте, но объективно способствует развитию таких возможностей. Основной причиной такой работы института является то, что в основу его деятельности была положена теория Н. И. Вавилова — «закон гомологических рядов», которая с известными поправками признается им и теперь, а также то, что институт игнорировал в своей работе теоретические достижения крупнейших биологов советской науки — Мичурина и Лысенко».
Т. Д. Лысенко и его сторонники сделали всё возможное, чтобы сорвать Международный генетический конгресс, проведение которого было намечено в Москве. Этот конгресс был единственной возможностью для Н. И. Вавилова выступить перед компетентной аудиторией, показать истинное значение новейших направлений биологии и вообще фундаментальной науки для сельскохозяйственной практики, продемонстрировать высочайший международный авторитет советской генетики.
В начале 1939 г, Лысенко был избран действительным членом Академии наук СССР (И. В. Сталин — почетным членом АН СССР).
В результате всех этих целенаправленных действий и событий Лысенко удалось утвердить своё направление. «Мичуринская агробиология» быстро превращается из натуралистической концепции в вульгарную науку «колхозно-совхозного строя», в ней нарастает антрепренерский стиль деятельности — готовность браться за любые угодные властям задачи — от получения сортов ветвистой пшеницы до научно-политических задач по внедрению плановости в науку, очистки её от вредителей и т. п. Вся эта деятельность сопровождалась мерами административного и партийного воздействия, часто завершавшимися арестами и гибелью учёных.
Список арестованных в эти годы включает большое число людей. Его открывает Н. И. Вавилов. Он был арестован 6 августа 1940 г. во время экспедиции в Западную Украину. 9 июля 1941 г. он был приговорен к расстрелу, который был заменён длительным сроком заключения. Н. И. Вавилов умер от истощения в Саратовской тюрьме 26 января 1943 г. в возрасте 55 лет[2]
.Репрессированы были многие учёные: Н. М. Тулайков, Г. А. Левитский, Л. И. Говоров, С. Г. Левит, Г. Д. Карпеченко, И. И. Агол, М. Л. Левин, Г. К. Мейстер, С. С. Четвериков, В. В. Таланов, С. А. Бондаренко, Н. К. Беляев и многие другие. Репрессии коснулись и простых работников ВАСХНИЛ, селекционных и агрономических станций. Административными методами была пресечена деятельность, да и жизнь Н. К. Кольцова. Возглавляемый им Институт экспериментальной биологии был реорганизован, после чего Н. К. Кольцов скоропостижно скончался (1940 г.).
Фактически уже в конце 30-х гг. Лысенко монополизировал значительные области биологии. К 40-м гг. ему не противостоял ни один крупный противник с таким международным научным авторитетом, какой имели Н. И. Вавилов или Н. К. Кольцов. Он уже мог не опасаться разоблачений со стороны агрономии и агрохимии (Т. Д. Лысенко получил поддержку В. Р. Вильямса), экономики сельского хозяйства (она понесла невосполнимые утраты после уничтожения А. В. Чаянова, Н. Д. Кондратьева и их последователей). Сторонники использования математических методов в экологии были рассеяны в результате гонений на одного из основоположников современной экологии — В. В. Станчинского. Директор Института микробиологии АН СССР Г. А. Надсон, открывший радиационный мутагенез, был расстрелян в 1940 г.