Начиная с 1933 года Сталин и Молотов неоднократно демонстрировали отчуждённо-холодное отношение к Вавилову. Зарубежные экспедиции ВИРа прекратились. Ходатайства Вавилова об откомандировании его на очередные международные конгрессы оставались без ответа. Во второй половине 1934 г. было отменено санкционированное ранее Яковлевым празднование 10-летия ВИРа (ИПБиНК) и 25-летия научной деятельности Вавилова. В феврале 1935 г. Вавилов не был переизбран членом ЦИК. В июне 1935 г. он был снят с поста президента ВАСХНИЛ и переведён в вице-президенты. В декабре 1935 г. на встрече В. Молотова с учёными, когда Вавилов докладывал о планах работ биологического отделения Академии наук, среди которых была и такая экзотическая тема, как "Исследование одомашнивания лисицы", председатель правительства прервал его возгласом: "Что за фантазия одомашнивать лису? И когда Вы, академик Вавилов, перестанете заниматься пустяками??" Осенью 1936 г. согласие правительства на проведение в Москве очередного международного генетического конгресса, о котором хлопотал Вавилов, было фактически отозвано. В 1937-39 гг. на страницах центральной печати неоднократно появлялись критические статьи о деятельности Вавилова и ВИРа (см. далее).
С другой стороны, в тех же 1930-х гг., откликаясь на социальный заказ, стало появляться всё больше специалистов, включавшихся в решение конкретных проблем страны. Среди сельскохозяйственников широкую известность и поддержку на государственном уровне получил Т. Д. Лысенко, предложивший ряд агротехнических приёмов повышения урожайности и подчёркивавший в своих выступлениях необходимость быстрого внедрения достижений науки в производство.
Переориентация политики Советского Союза при Сталине с "разжигания мировой революции" на решение внутренних проблем страны и с реализации интернациональных глобальных проектов на приоритетное развитие отечественной науки и культуры коснулась всех сторон жизни тогдашнего советского общества. В
Ликвидация ленинской гвардии. После организационной подготовки конца 1920-х ― начала 30-х гг. Сталин предпринял широкомасштабное наступление на остававшихся во власти явных и скрытых "троцкистски-мыслящих" оппозиционеров. В 1936-38 гг. состоялись показательные "московские процессы" над бывшими лидерами партии, соратниками Ленина. Им были предъявлены обвинения в заговоре с целью восстановления капитализма, расчленения страны и превращения её в сырьевой придаток Запада.
В те же годы, по обвинениям в связях с Троцким, вредительстве, терроризме или шпионаже было арестовано большинство членов ЦК, секретарей обкомов и крайкомов, наркомов, а также множество номенклатурных работников рангом поменьше.