Едва же «Сисой Великий» бросил якорь на Кронштадтском рейде, как Чухнина ждало новое назначение — начальником Николаевской морской академии и директором Морского корпуса одновременно. Задача новому начальнику ставилась серьёзная — реформировать эти учебные заведения. В течение двух лет занимался Чухнин воспитанием будущих офицеров флота, ежегодно выводя в море закреплённый за корпусом отряд учебных кораблей.
В первые же дни Русско-японской войны в Морской корпус прибыл Николай Второй. Перед строем кадетов и гардемаринов он рассказал о вероломном нападении японцев на Порт-Артур и тут же произвёл досрочно всех гардемаринов в мичмана с отправкой на флот. Попросился на флот и Чухнин. Просьба его была удовлетворена, но вице-адмирал получил назначение не на Дальний Восток (куда уже был назначен вице-адмирал Макаров), а на Чёрное море.
Восстание на «Потёмкине», как мы уже знаем, застало командующего флотом в Петербурге, куда Чухнин убыл на обсуждение новой судостроительной программы. Экстренно вернувшись в Севастополь, он начал принимать все меры для поиска и захвата мятежного броненосца, отстранив от командования старшего флагмана практической эскадрой вице-адмирала Кригера, упустившего «Потёмкина» около Одессы. Под своим началом Чухнин вновь вывел эскадру в море для решительного поиска восставших. «Потёмкин», однако, к этому времени уже прибыл для интернирования в румынскую Констанцу.
Однако пока Чухнину удавалось контролировать ситуацию на Черноморском флоте. Где уговорами, а где силой вице-адмирал сдерживал натиск революционного движения. А потому Чухнину, честно говоря, было не до своего старого соплавателя, тем более что ничего приятного вспомнить о совместной службе было нельзя. Однако он и здесь идёт навстречу всем пожеланием дяди-сенатора. По прибытии в Севастополь Шмидт перво-наперво проходит медицинское обследование в местном военно-морском госпитале. Вот заключение медицинской комиссии: «Лейтенант Шмидт страдает тяжёлым простатитом почечных колик с воспалением почечных лоханок, что обостряется в холодном и сыром климате. По характеру болезни нуждается в пребывании в тёплом климате». Вот тебе и раз! То Шмидту была вредна тропическая жара, теперь ему, наоборот, никак нельзя служить даже на вечно сырой Балтике! Кто прав: врачи Второй эскадры или Севастопольского госпиталя? К этому вопросу мы ещё вернёмся в своё время.
Уже в мае, едва прибыв в Севастополь, П.П. Шмидт в единственном числе объявил о создании некого «Союза офицеров — друзей народа», куда входил он один. От имени этого мифического «союза» он написал и разослал по кораблям и частям воззвание «К офицерам Черноморского флота» следующего содержания: «Господа офицеры Черноморского флота! Вы не можете не знать о том, что происходит. Правительство, навязавшее стране неслыханно позорную войну, продолжает душить свой народ, стремящийся сбросить цепи тысячелетнего рабства. Оно безжалостно и неуклонно ведёт страну к небывалой катастрофе. Многое зависит от нас в завязавшейся кровавой борьбе. Как русские люди, вы не можете желать зла своему народу, желать видеть его несчастным и порабощённым. Ваше Отечество, ваша совесть, ваше высокое звание зовут вас исполнить свой офицерский долг. Грядущие поколения будут судить вас, ибо велики права ваши и священны ваши обязанности. Офицеры славного Черноморского флота! Составляйте петиции на Высочайшее имя! Просите, умоляйте, требуйте у Государя Императора дарование действительных конституционных гарантий, давно составляющих неотъемлемую собственность всех культурных народов. Составляйте петиции, организуйтесь и присоединяйтесь к нам».
Любопытно, что своё воззвание он подписать побоялся, так и отправив анонимно. Результат получился соответствующий.
В те дни Шмидт заявлял в узком кругу: «Если благодаря воззванию откроются глаза хотя бы у одного офицера, я и тогда буду считать свою задачу выполненной». Увы, на пустословное воззвание Шмидта так никто и не откликнулся. После этого всякий интерес к своим сотоварищам он потерял.
Чтобы больному Шмидту было как можно легче служить, Чухнин назначает его командиром небольшого номерного миноносца № 262, который базировался в провинциальном Измаиле. Измаил далеко от Севастополя, а тем более от театра боевых действий. Там тихо и спокойно, и Шмидт прекрасно может дождаться в Измаиле окончания войны, чтобы снова вернуться на коммерческий флот. Отметим, что консилиум врачей Второй Тихоокеанской эскадры признал нашего героя годным лишь к береговой службе. Однако вопреки заключению медиков его всё же назначают на боевой корабль. Почему? Совершенно ясно, что без согласия самого Шмидта такое назначение никогда не могло бы состояться. Однако Шмидт согласился. Как увидим позднее, основания для такого согласия у него скорее всего были весьма веские.