Тем временем известие о мятеже на броненосце «Потёмкин» достигло столицы. 15 июня управляющий Морским министерством получил из Севастополя от временно исполнявшего должность главного командира вице-адмирала Кригера (вице-адмирал Чухнин в это время был вызван в Петербург) срочную шифровку: «Вместо телеграммы командира посланного в Тендру с комиссией для опытов стрельбы броненосца „Потёмкин“ сейчас получил телеграмму от командующего войсками о приходе броненосца в Одессу и о полном бунте команды на нём. Посылаю два броненосца с минным крейсером и миноносцами под командой контр-адмирала Вишневецкого с полномочиями принять меры, какие потребуют обстоятельства».
Управляющий министерством адмирал Авелан немедленно поспешил с докладом к Николаю II. На докладе царь наложил следующую резолюцию: «Где находится главный командир? Уверен, что ему удастся справиться с бунтом и жестоко наказать возмутившуюся команду». При этом он подчеркнул слова «уверен» и «жестоко наказать». Вечером Николай Второй направил телеграмму командующему Одесским военным округом с требованием «принять немедленно самые жестокие и решительные меры к подавлению восстания как на „Потёмкине“, так и среди населения порта». В свой дневник царь записал: «Получил ошеломляющее известие из Одессы о том, что команда пришедшего туда броненосца „Князь Потёмкин Таврический“ взбунтовалась, перебила офицеров и овладела судном, угрожая беспорядками в городе! Просто не верится!»
Отъезд в Севастополь вице-адмирала Чухнина был задержан до получения указаний от управляющего морским министерством, аудиенции у императора и у генерал-адмирала. В тот же день, 15 июня, шифрованной телеграммой управляющего морским министерством вице-адмиралу Кригеру было приказано срочно идти «со всей эскадрой и минными судами» в Одессу, тотчас же предложить команде броненосца сдаться и, если последует отказ, «немедленно… дабы не дать возможности „Потёмкину“ успеть открыть огонь по городу и судам, потопить броненосец двумя минами миноносцев… Спасающуюся команду „Потёмкина“, если будет сопротивление, расстреливать».
Одновременно управляющий морским министерством направил срочную телеграмму старшему флагману Черноморской флотской дивизии вице-адмиралу Кригеру: «Следуйте немедленно со всей эскадрой и минными судами в Одессу. Предложите команде „Потёмкина“ покориться, если получите отказ, то немедленно потопите броненосец двумя минами с миноносцев, которые приготовить раньше, дабы не дать возможности „Потёмкину“ успеть открыть огонь по городу и судам. Спасающуюся команду „Потёмкина“, если будет сопротивляться, расстреливать, а остальных сдавать командующему войсками для заключения под стражу».
Утром 16 июня командующий Черноморским флотом вице-адмирал Чухнин, находившийся в Петербурге, был вызван к царю для личной беседы. Содержание её неизвестно. Вероятно, царь настаивал на скорейшем подавлении мятежа. Затем Чухнин сразу же выехал на Черноморский флот. В тот же день Севастополь, Николаев и Эриванская губерния были объявлены на военном положении.
Телеграмма Севастопольского градоначальника товарищу министра внутренних дел, 16 июня 4 ч. 30 м. дня: «В введении военного положения необходимости нет. Наружное настроение команд флота, оставшихся в Севастополе до тысячи человек, по моим наблюдениям опасений не внушает. Внутреннее же неизвестно. Остальные в плавании с адмиралом Кригером. По отношении первых приняты меры. Откликов событий в Одессе не замечается. Организованный наружный надзор градоначальства ослаблен беспричинным выбытием в Херсон прибывших казаков, возвращение коих необходимо. Нежелательное прибытие команды „Потёмкина“ в Севастополь вызовет неизбежное общение гражданами и сочувствие находящихся городе морских команд. Этот случай может вызвать необходимость временного введения положения усиленной охраны».
Вице-адмирал Кригер начал срочно готовить эскадру к походу. Он требует от начальника учебного отряда срочно отослать в распоряжение младшего флагмана эскадры контр-адмирала Вишневецкого четыре «самых исправных миноносца». С кораблей списали на берег часть неблагонадёжных матросов. Например, с «Георгия Победоносца» списали 22 человека. По воспоминаниям матроса Волгина, на броненосце «Двенадцать Апостолов» «сознательных матросов» осталось 5–7% от всей команды. В Севастополе решено было оставить лишь наиболее старые броненосцы «Чесма» и «Екатерина II». Одновременно весь учебный отряд под началом контр-адмирала Писаревского переходит из Камышёвой бухты на севастопольский рейд, чтобы прикрыть вход в бухту от возможного прорыва «Потёмкина».