В 1042 году стены Мадрида, называемого летописцами то по-арабски Махеритом, то по-латински Махоритумом, вновь были разрушены соотечественниками. Солдаты кастильского короля Фердинанда Великого жестоко расправились с маврами, заодно разграбив город. Несколькими десятилетиями позже после громкой победы Альфонса VI Мадрид попал под влияние христиан. С того времени мавританский алькасар стал местом временного пребывания королей Кастилии. Крепость не однажды меняла хозяев, подвергалась грабежам, разрушениям, но, имея важное стратегическое значение, упорно поднималась из руин. От арабского владычества в ней почти не осталось следов, поэтому научный интерес представляют даже такие свидетельства, как название города и часть стены характерной кладки, обнаруженной современным археологами.
В 1132 году Альфонсу VII удалось взять замок Вилларубия де лос Орос, окончательно изгнав последних мусульман из окрестностей Мадрида. Его преемник Альфонс VIII объявил город муниципальным образованием с правом не выплачивать некоторые виды пошлин, обязательные для других населенных пунктов Испании.
С той поры история Мадрида была свободной от загадок и туманных предположений. В качестве резиденции кастильских королей он часто упоминался в документах. Средневековые монархи любили здешние леса, полные дичи и потому удобные для царской охоты. Далекое от мирской суеты духовенство занималось организацией монашеских общин; вслед за устройством монастырей Сан-Мартин и Сан-Доминго над рекой раскинулся сохранившийся поныне Толедский мост. В начале XIV века в бывшей арабской цитадели начали заседать кортесы – самые ранние на территории Европы сословно-представительские собрания. Конец столетия ознаменовался еще одним важным политическим событием, а именно коронацией прогрессивного и деятельного правителя Энрике III. Плодами его строительного энтузиазма стали новые городские здания и сторожевые башни, укрепившие и одновременно украсившие стены крепости.
План застройки Мадрида принимали уже не кастильские, а Католические короли: Фердинанд и Изабелла, которых считают последними из монархов рода Трастамара. Тогда испанский королевский двор все еще не имел постоянной резиденции. Однако Карл V, как и прежде меняя жилища, чаще останавливал выбор на главном городе Кастилии. Благодаря пристрастию императора герб Мадрида в 1534 году дополнился королевской короной.
В те времена будущая столица не играла особой роли в жизни государства и не отличалась большими размерами. Крупных построек здесь было немного, поэтому каждая хоть однажды посещалась царственными особами. Королевским прошлым своего дома в числе прочих гордились владельцы башни Луханес. Сохранившаяся и поныне, она стоит недалеко от дворцовой площади и, привлекая внимание сложным готическим порталом, является образцом богатых испанских домов эпохи позднего Ренессанса.
По слухам, в 1525 году мрачные покои башни стали тюрьмой для Франциска I. Французский король оказался в Мадриде после поражения в битве при Павии. Впрочем, плен поверженного монарха не был столь тяжким, как думали многие испанцы. В действительности он даже не считался пленным и жил не в Луханес, а в алькасаре, занимая лучшие комнаты императора. В официальных документах говорится, что «пленник въехал в город на доброй лошади, разодетый, как на бал, с насмешливой улыбкой на устах. За ним шествовали 15 генералов, поэты, летописец, шут и множество слуг. В нескольких каретах следовали дамы исключительной красоты. Багаж короля составляли более 500 сундуков с одеждой, утварью, картами. Содержание пышной свиты обошлось победителям в тысячи дукатов. Карл приказал снять со стен своих покоев дорогие гобелены, чтобы украсить ими жилище пленника. Через полгода Франциск отбыл на родину с более тяжелой поклажей, прибавив к собственным сундукам еще 15, набитых драгоценностями и подарками».
Сегодня цитадель Маджирит является историческим центром Мадрида, столичная история которого началась в 1561 году. Несмотря на то что город был объявлен центром королевства, двор Филиппа II прибыл сюда лишь через два года, когда были закончены работы по отделке резиденции.