Disney одобрила эту версию и 7 июля 1995 года объявила о том, что решила воспользоваться своим правом, указанным в соглашении 1991 года, начать производство второго фильма. Лассетер назначил Стэнтона сорежиссером; двое отлично поработали вместе и поняли, что имеют общие творческие взгляды. Работая над «Историей игрушек», Лассетер обнаружил, что рабочий день единственного режиссера компьютерной анимированной полнометражки растягивался до того момента, пока не будет сделано все, особенно в период последнего года работы. Огромные массивы материала, сходившего с конвейера, нужно было оценивать на смотровых сеансах, которые проходили один за другим. Стресс был очень сильным. Сорежиссер должен был несколько ослабить это давление, к тому же Лассетер видел, что эта роль сможет подготовить Стэнтона к собственной ведущей режиссерской позиции.
Когда в ноябре «История игрушек» вышла на экраны, сценария для «Насекомых» еще не существовало, поэтому после небольшого отдыха члены команды разошлись по другим проектам внутри компании. Кто-то занялся созданием десяти- и тридцатисекундных роликов на основе «Истории игрушек» для ABC Television под названием «Лакомые кусочки из “Истории игрушек”»; ролики транслировались в субботу утром между мультфильмами и рекламой. Другие, в основном технические специалисты, были вовлечены в работу исследовательского отдела, чтобы на основе опыта «Истории игрушек» отточить некоторые программные инструменты. Часть команды работала над инструментами освещения, чтобы свет могли выставлять сами художники, без помощи программистов; другая группа работала над программой Menv, чтобы улучшить ее способность обрабатывать сложные кадры с большим количеством моделей. Новое подразделение Pixar под руководством Пэм Кервин по производству интерактивных компьютерных игр на основе «Истории игрушек» занималось наймом дополнительных сотрудников. Остальные были заняты в сценарном и художественном отделах и начали работу над «Насекомыми».
Лассетер считал, что полезным было бы взглянуть на мир с точки зрения насекомого. Два технических специалиста решили ему угодить и создали небольшую камеру на колесах, которую окрестили «жукамера». Привязанная к концу палки, жукамера могла разъезжать по траве и другой поверхности, обеспечивая поле зрения насекомого. Лассетер был увлечен тем, как трава, листья и лепестки цветов образуют полупрозрачный купол, будто насекомые живут под витражным потолком. Именно такое впечатление он хотел получить от «Насекомых». Позже команда также набиралась вдохновения из фильма «Микрокосмос», французской документальной ленты о любви и ненависти в жизни насекомых.
Когда Стэнтон уже закончил черновой вариант сценария, он начал сомневаться в одном из сюжетных столпов истории — в том, что цирковые насекомые, попавшие в колонию, чтобы обмануть муравьев, вместо этого останутся и примут участие в сражении. Он решил, что из цирковых насекомых-лжецов получались неприятные герои, к тому же они вряд ли могли так сильно измениться. И несмотря на то, что планирование производства было в полном разгаре, Стэнтон сделал вывод, что история требовала иного подхода.
Вероятно, неуверенность Стэнтона была излишней. В его сценарии «Насекомых» цирковая труппа начала восхищаться муравьями, «пораженная их чувством приверженности обществу, семье и тяжелой работе». Принцесса Атта, изначально не доверявшая Рэду, постепенно проникается уважением к нему за то, что он вселяет в муравьев смелость, которой у них никогда не было. Рэд откладывает отъезд цирковой труппы то по одной, то по другой причине из-за возникших чувств к принцессе. Наконец в утро, когда ударил первый зимний мороз, цирковые насекомые начинают в спешке собираться, но уже поздно: уходя, они сталкиваются с Хоппером и его бандой. Рэд уже на грани того, чтобы раскрыть себя как труса и все объяснить Хопперу, но он не делает этого, заметив, что на него с гордостью смотрит Атта. Рэд начинает задирать Хоппера словами, а обретшие уверенность муравьи устраивают массовое сопротивление. Когда позже Хоппер с бандой возвращаются, цирковые артисты, сочувствуя муравьям, помогают им победить саранчу с помощью акробатики и цирковых трюков.
Это была захватывающая история, которая в каком-то смысле повторяла эволюцию Базза в «Истории игрушек». Если Базз вынужден был смириться с тем, кто он есть на самом деле — игрушка, а не космонавт, то Рэд обнаруживал, что, если надеть маску, чтобы выглядеть более достойным, чем ты есть, появляются шансы дорасти до этой маски.
В любом случае Стэнтон переписал сценарий, сделав главным героем одного из муравьев-скаутов, который в конце концов получил имя Флик. Рэд исчез из истории. Насекомые-циркачи больше не собирались обманывать колонию, вместо этого оказываясь впутанными в историю из-за забавного непонимания того, для чего их нанял Флик. Лассетер одобрил новый вариант, и комедийные сценаристы Дональд Мак-Энери и Боб Шоу провели в Pixar пару месяцев, оттачивая сценарий вместе со Стэнтоном.