И все-таки майя сохранились как народ, показав за последние пять столетий удивительную способность к нравственному и физическому выживанию. Да, они покинули свои древние города, но остались жить на земле предков. Число людей, говорящих на различных языках майя, достигает 7–8 миллионов человек, сосредоточенных на севере Юкатана, в высокогорье мексиканского Чьяпаса и более всего — в Гватемале, где майя составляют добрую половину населения страны. Они выдержали кровавые преследования, нападки на свою культуру и маргинализацию; этот древний народ сумел не раствориться, не пропасть в современном глобализованном мире.
На майяском высокогорье организованная оппозиция была подавлена быстро, жестоко и решительно человеком по имени Педро де Альварадо. Его репутацию самого безжалостного и кровожадного конкистадора признавали даже соотечественники. В 1523 году посланный Кортесом на завоевание региона де Альварадо вместе со своими мексиканскими союзниками вторгся в самое сердце гватемальского нагорья. Самым могущественным горным государством той поры было Киче со столицей Утатлан. Государство Киче находилось во враждебных отношениях с конкурентом — городом-государством Какчикель, который, в свою очередь, дружил с ацтеками и был благодаря им предупрежден о приходе испанцев. Какчикель, видимо, уверовал в то, что, наладив отношения с пришельцами, сохранит свою мощь и даже станет доминировать над заклятым врагом Киче, поэтому навстречу отряду Кортеса отправилась делегация с дарами.
Междоусобица между Киче и Какчикелем была только на руку испанцам. В начале 1524 г. отряд де Альварадо встретился с воинами Киче на ровном как стол плато возле современного Кетцальтенанго. Поле для битвы было ровным и просторным, что давало коннице де Альварадо значительное преимущество над врагом. По майяской традиции в начале любого сражения сходились воины — по одному с каждой стороны. От испанцев выступил сам де Альварадо, а из рядов майя на поединок вышел вождь по имени Текун Уман. И хотя майяскому герою, наряженному в костюм орла и кетцаля, удалось стащить испанца с коня, де Альварадо проткнул противника копьем. На этом, собственно, и завершились как битва, так и завоевание почти всего высокогорья. Говорят, картина «Танец конкисты», изображающая драматический бой де Альварадо с туземцем, висит во многих кабинетах чиновников в гватемальском высокогорье. Впрочем, испанские хроники ничего не говорят об этом столкновении, а лишь сухо упоминают о фактах убийств, совершенных конкистадорами, и подтверждают полное подчинение этого региона испанской короне. После битвы де Альварадо осадил столицу Киче, для устрашения осажденных заживо сжег двух пленников, а затем ворвался в Утатлан и учинил страшную резню. Дольше всех сопротивлялся Цутухиль, раскинувшийся вокруг озера Атитлан, но и этот город-государство был разгромлен с помощью союзных войск Какчикеля. К июлю 1524 года де Альварадо основал первую испанскую столицу в регионе, оккупировав и переименовав какчикельский город Ишимче в Сан-тьяго-де-Кабальерос-де-Гуатемала.
На Северном Юкатане волны эпидемий прокатились сразу же после того, как нога первого испанца ступила на эту землю. В 40-х годах XVI в. Монтехо предпринял попытку систематической колонизации, однако довольно долгое время под властью короны находилась только треть полуострова — север и часть побережья. Кроме Мериды, уже существовавшей колониальной испанской столицы, пришельцы построили еще три своих города. В них очень скоро появились церкви, резиденции алькальдов и обязательная площадь перед ними. Эти города стали административными центрами завоеванных территорий. Кампече находился на берегу Мексиканского залива, Вальядолид — к востоку от Чичен-Ицы, и Саламанка-де-Бакалар — на юге Кинтана-Роо. Число европейцев, переселившихся к тому времени на Юкатан, составляло чуть более полутора тысяч человек.
Система хозяйствования, установленная завоевателями, практически не отличалась от существовавшей на этих землях задолго до их появления. Прежде сельское население платило дань продуктами местной майяской знати, а теперь ее стали собирать испанцы. Эта дань называлась «энкомьенда». Таким образом, испанцы-энкомь-ендерос, т. е. те, кто собирал дань, получали доход не от владения землей, а от труда подвластных им туземцев, обязанных в определенное время приносить новым господам такие товары, как хлопок, маис, мед, соль, индюшатину, а позже, после того как их начали разводить в Америке, и традиционные европейские культуры. Другим видом эксплуатации стал так называемый «репартимьенто» — обязательное участие коренных жителей в строительстве дорог, церквей и домов.