Галиндо не заинтересовался одеждой изображенных на барельефах фигур или особенностями их внешнего вида, чему немало времени посвятил Дюпэ, зато он обнаружил некую преемственность между древним, запечатленным в камне народом и современными ему майя: «Во всем обнаруживается свидетельство того, что тот удивительный народ физически ничем не отличается от современных индейцев». А затем, размышляя над иероглифической письменностью, он замечает:
В 1834 году правительство Конфедерации поручило Галиндо подготовить официальный отчет о Копане, с чем молодой губернатор справился блестяще. «Сразу видно, что Копан и Паленке имеют одно и то же происхождение, несмотря на то, что между обоими городами есть существенные отличия, — писал он в отчете. — Похоже, архитектура Паленке кажется более величественной только в силу своей лучшей сохранности». Галиндо заметил различия в технике строительства и в архитектурных стилях, а также обратил внимание на то, что в Копане находится множество каменных стел, опоясанных вырезанными фигурами, орнаментом и иероглифами, в то время как в Паленке предпочтение отдавали каменным плитам, украшенным скульптурными барельефами. Но все эти различия меркнут перед тем фактом, что повсюду изображены письменные знаки, без сомнения, принадлежащие одному и тому же языку либо очень сходным языкам. «Эти иероглифические письмена выражают звуки, и эта письменность, конечно, гораздо более развита, чем мексиканские рисунки или древнеегипетские символические иероглифы, изображающие в основном простые предметы».
Проведя в Копане десять недель, Галиндо не только приготовил подробный отчет, но и разослал множество писем в «Литературную газету», американские и французские научные общества и даже провел несколько археологических раскопок. В восточной части комплекса речка Копан изменила свое русло и обнажила ту часть города, которая была скрыта от людских глаз, вероятно, не менее тысячи лет. Галиндо обратил внимание, что в одном месте высохшее русло необычайно глубокое и имеет чересчур уж ровные края. Оказалось, что это выложенные камнем стены, скрывавшие древние захоронения. В ходе раскопок Галиндо сумел проникнуть в одну из погребальных камер, где обнаружил более 50 глиняных горшков (многие из них с человеческими костями), большое количество морских раковин, обсидиановые ножи, нефритовые бусины и даже маленькую нефритовую маску. Все это лежало на полу, покрытом известняковой плиткой. Галиндо измерил помещение и определил, что оно ориентировано «строго с севера на юг, по стрелке компаса, который в этих местах имеет восточное магнитное отклонение в 9°». После исследований дель Рио это были вторые раскопки в истории археологии, произведенные на землях майя.
Галиндо оказался чрезвычайно скрупулезным и умным исследователем, заслуженно занявшим свое почетное место в ряду пионеров мировой археологии. Ему удалось совместить серьезную научную работу (причем, будучи «любителем») и открытость своих изысканий (в адрес только Французского географического общества он выслал 32 письма с отчетами) со своей блестящей, чрезвычайно амбициозной карьерой в молодом государстве. Выводы политика-исследователя столь же радикальны, сколько неожиданны: он считал, что Центральная Америка является колыбелью значительнейшей цивилизации, которая после некоторого упадка возродится вновь — на этот раз в виде молодых американских государств, готовых перехватить эстафету мирового лидерства из рук дряхлеющих европейских империй. Что касается потомков строителей Паленке и Копана, то выводы Хуана Галиндо в данном случае неутешительны: «Индейская раса переживает последние столетия своего существования и вскоре совсем исчезнет с лица земли. Дни ее расцвета давно миновали, и более она не возродится».