Эта же потребность в философии, направленной на изучение внешнего материального мира, обусловившая быстрое освоение ранее не известных сочинений Аристотеля, как только они были переведены, проявилась и в формировании университетов с их сложной, самоуправляющейся структурой. Общепризнанным является то, что при формировании университета принципы организации средневековых гильдий были перенесены на теоретическое образование. Подобно гильдии, представлявшей собой союз мастеров (masters), ставящий своей целью определение стандартов своего ремесла и обучения подмастерьев, университет есть союз магистров, определяющих стандарты высшего образования и подготовки учителей из обучающихся у них школяров. Примером отношений типа «мастер-подмастерье» являются пункты устава Парижского университета 1215 г., предписывающие, что учитель должен нести ответственность за своих учеников[216]
, а каждый ученик должен иметь одного учителя[217]. Основные стандарты обучения заданы в этом же уставе и они предполагают, что степень магистра можно получить лишь по достижении двадцати одного года и по прохождении курса наук в течение шести лет[218]; кроме того, никому нельзя стать магистром теологии, не проучившись еще восемь лет на факультете теологии и не достигши возраста тридцати пяти лет[219].Шесть лет обучения на факультете искусств разделялись на два трехлетних цикла. После трех лет обучения студент в качестве экзамена участвовал в серии публичных диспутов на заданную тему перед комиссией из трех-четырех магистров искусств. Успешно прошедший это испытание становился бакалавром искусств и мог приступить к следующему трехлетнему циклу, заканчивавшемуся получением лицензии. Только после получения официальной должности преподавателя и чтения инаугурационной лекции можно было получить степень магистра искусств. Для поступления на факультет теологии требовалось пройти полный курс обучения на факультете искусств. Изучение теологии предполагало получение трех степеней бакалавра последовательно. Первый цикл был посвящен изучению и комментрованию Библии и завершался экзаменом в форме публичного диспута. В цикле второго бакалавриата изучались и комментировались отцы церкви. После успешного публичного диспута можно было приступить к завершающему периоду - изучению догматической теологии. Магистром теологии в Парижском университете становились только по предоставлении преподавательской должности, которых первоначально было восемь, а впоследствии стало двенадцать.
В преподавании использовались два метода: комментарий и диспут. Тексты любого рода - юридические, медицинские, философские и теологические - читались вслух и комментировались, таким образом происходило усвоение материала стандартных курсов. Кроме того, устраивались диспуты, которые служили и для обучения и для проверки знаний в качестве экзамена. В ходе учебных диспутов студенты должны были формулировать доводы за и против определенной позиции, учитель же (магистр) давал решение обсуждаемого вопроса и отвечал на выдвинутые студентами возражения. При экзаменационном диспуте студент, сдававший экзамен, должен был давать определения по обсуждавшимся вопросам и отвечал на возражения. Как правило, экзаменационные диспуты продолжались в течение как минимум трех первых недель Великого поста. По крайней мере раз в год магистр должен был устраивать quodlibetal - диспут, тему которого мог предложить любой член университетской гильдии или посторонний. Магистры теологии также были обязаны выступать с проповедями в университете.