Позднее установили, что «Петропавловск» погиб, подорвавшись на японских минах (по-видимому, на двух сразу). На тех самых минах, которые накануне ночью были выставлены японскими миноносцами, чьи силуэты видели в темноте с крейсера «Диана»...
Вместе со своим флагманским кораблем исчез в волнах и адмирал. О последних мгновениях его жизни сохранились свидетельства двух очевидцев, спасенных после катастрофы. Один из штабных офицеров Макарова, находившийся в момент взрыва в штурманской рубке, рассказывал: «Адмирал приказал дать ему карту якорных стоянок и приготовить сигнал: „Севастополю“ стать на якорь». Я записал в шканечном журнале 9 часов 40 мин. и поставил две точки, чтобы потом внести в журнал самый сигнал, как вдруг произошло столкновение с подводной миной... Я увидел спину адмирала Макарова, а затем перед моими глазами в воздухе, как бы в небесах, развернулась адская картина: башни, мачта, трубы – все это как бы повисло в облаках темно-зеленого дыма, который пронизывало темно-красное зарево».
Другой очевидец, сигнальщик с «Петропавловска», рассказал, что взрыв застиг его в боевой рубке: «Бросился я к дверям рубки, но в это время оттуда выходил какой-то офицер, вероятно, штурман. Тогда я выскочил в окошко. Кренило. На мостике я увидел нашего старика адмирала Макарова. Лицо и борода были в крови. Корабль падал. Вода вкатывалась на самый мостик. Со всех сторон падали обломки, балки, шлюпки. Что-то гудело, трещало, валил дым, показался огонь. Я вскочил на поручни, меня смыло».
По-видимому, Макаров, раненный во время взрыва, утонул в море. В тех же волнах исчезли славный командир «Ермака» Васильев, художник Верещагин и еще 28 офицеров и 652 матроса.
31 марта 1904 года русский военно-морской флот был обезглавлен. Сменивший Макарова контр-адмирал В. К. Витгефт оказался во всех отношениях слабым, нерешительным и безынициативным командующим, при нем порт-артурская эскадра действовала вяло и неудачно. Витгефт фактически отказался от руководства флотом, при нем важнейшие вопросы решались... голосованием на совете старших морских начальников. Это выглядело трагикомическим контрастом после смелого и энергичного Макарова. 28 июля (10 августа) русская эскадра дала бой. Наши моряки сражались превосходно, впоследствии выяснилось, что потери японцев были выше. Однако в самом конце сражения адмирал Витгефт погиб, эскадра осталась без руководства и возвратилась в Порт-Артур. С тех пор мощные корабли русского флота с опытными и закаленными экипажами по вине своих бездарных начальников до конца осады простояли в бездействии.
Японская армия огромными силами осадила крепость с суши. Более семи месяцев держались защитники Порт-Артура, почти не подготовленного к сухопутной обороне. Держались исключительно благодаря мужеству рядовых солдат и отваге некоторых командиров. Высшее командование крепости во главе с ограниченным и трусливым генералом Стесселем из рук вон плохо руководило оборонительными действиями. Однако боевой дух Макарова не покидал бастионы Порт-Артура. Душой сопротивления стал генерал Кондратенко – столь же смелый и решительный, как Макаров. Под руководством Кондратенко осажденные нанесли японским войскам огромные потери. Самураи так и не смогли ворваться в крепость, пока Кондратенко не погиб на одном из бастионов от вражеского снаряда...
Огромную роль в обороне Порт-Артура сыграли военные моряки. Как их деды в Севастополе, они сняли орудия с кораблей и влились в число защитников крепости. В штыковых контратаках опрокидывали русские моряки лучшие самурайские полки, как бы предвосхищая подвиги своих младших братьев в гражданскую войну и своих сыновей – в Великую Отечественную. И не их вина, что малодушные генералы Стессель, Фок, Рейс предательски сдали крепость, хотя личный состав ее имел еще достаточно сил, а главное – горел желанием сражаться.
Да, крепость была преступно сдана бездарными начальниками. И тем не менее в русской военной истории оборона Порт-Артура остается одной из самых ее замечательных страниц. И по праву. Ибо защитники крепости остались верны своему воинскому долгу до конца. Как завещал им это их адмирал.
Сорок лет спустя советские военные моряки вновь вошли в Порт-артурскую гавань. Японский милитаризм был разгромлен и отброшен от наших границ. И внуки Макарова, советские офицеры и матросы, склонили свои покрытые славой алые знамена у братских могил, где погребены были герои обороны Порт-Артура – известные и безвестные. Воинский дух их был и остается жив в деяниях Советского Военно-Морского Флота.
Известие о гибели Макарова вызвало самую горькую, самую искреннюю скорбь в армии, на флоте, по всей стране. Все понимали, что Россия потеряла нечто неизмеримо большее, чем командующего эскадрой, – она потеряла одного из своих национальных героев.
Скорбные чувства народа в те дни хорошо выражены в бесхитростном стихотворении, опубликованном тогда в газетах (автор его пожелал остаться неизвестным);