7 ноября 1894 года Макаров был назначен командующим эскадрой в Средиземном море. Ему надлежало срочно выехать из Петербурга в Пирей, где стояли корабли русской эскадры. Итак, пост начальника морской артиллерии он покидал окончательно. На прощание сослуживцы устроили ему пышный банкет. Отвечая на восторженные речи своих помощников, Макаров сказал:
– Три года работы с вами открыли мне новый горизонт, познакомили с силами, заслуживающими большого внимания, о существовании которых я не подозревал... Мне пришлось начать работу с вами, тружениками огня, когда еще не был закончен мой труд «Витязь» и Тихий океан». Итак, я имел дело с двумя стихиями: с огнем и водой. Трудно было!.. Но теперь все исполнено...
Конечно, удалось исполнить далеко не все, что хотелось, и Макаров это понимал лучше всех, да не говорить же о том на банкете. А вот насчет новых горизонтов, так это уж чистая правда. И сам Макаров принадлежал к числу тех людей, которые в своем развитии поднимаются со временем все выше и выше. А чем больше высота, тем шире открываются горизонты. Эти три года службы в Адмиралтействе много дали сорокапятилетнему адмиралу: теперь он видел перед собой уже весь русский флот во всей широте его государственных задач. Теперь Макаров был вполне готов для службы на новом, в высшей степени ответственном поприще. Русский военно-морской флот впервые пришел на Средиземное море в XVIII веке и сразу же покрыл себя громкой славой. Достаточно лишь назвать имена Ушакова и Сенявина, вспомнить наши славные победы под Чесмой и Наварином, у острова Корфу и в Афонском сражении. В 1833 году русский десант даже высадился на Босфоре, у самых стен Константинополя (правда, уже в качестве союзников султана).
Затем настали иные времена. После тяжелой неудачи в Крымской войне русские эскадры более не появлялись в этих водах. И вот теперь – снова. В секретной инструкции, врученной Макарову, говорилось: «При обыкновенных мирных обстоятельствах назначение эскадры судов в Средиземном море заключается главным образом в поддержании политического влияния России на Востоке. Эскадра наша должна составлять резерв на случай усиления наших морских сил на Тихом океане или для принятия участия в крейсерской войне...» И далее: «В мирное время во всех представляющихся вам политических вопросах вы обязаны следовать указаниям наших посланников и уполномоченных дипломатических агентов... Со всеми представителями иностранных флотов быть в одинаковых отношениях, не давая повода предполагать какое-либо предпочтение тому или другому. Избегать всяких встреч, могущих вызвать взрыв оваций; быть крайне осторожным в действиях и еще более в политических разговорах».
Задачи, как видно, серьезные и сложные. И не случайно в инструкции Макарова предупреждают о необходимости избегать «оваций». После освободительной русско-турецкой войны 1877–1878 годов авторитет России на Балканах стоял очень высоко. Между тем многие земли, населенные славянами и греками, все еще находились под властью Австро-Венгрии и Турции. Появление русской эскадры в тех районах могло вызвать стихийные манифестации и даже выступления против оккупантов. Всего этого в Петербурге очень опасались.
2 декабря 1894 года Макаров прибыл в Пирей и принял командование эскадрой. Она была небольшой: броненосец «Император Николай I», крейсер «Владимир Мономах», три канонерские лодки, миноносцы, яхта. Да, эскадра небольшая, зато наконец-то Макаров командовал соединением современных боевых кораблей и при этом пользовался значительной свободой действий. Русские корабли не случайно базировались в Пирее: в ту пору отношения Греции и России были наилучшими. К тому же у Макарова оказалось в Афинах весьма влиятельное знакомство. Женой греческого короля Георга I была русская великая княжна Ольга Константиновна, двоюродная сестра царя Александра III. По случайному стечению обстоятельств Макаров был знаком с Ольгой Константиновной, она стала даже крестной матерью его первой дочери. Таким образом, командующий русской эскадрой встретил серьезную поддержку в греческом королевском дворце. Это помогло ему успешно решить ряд проблем, связанных с долгим пребыванием эскадры в чужих гаванях: снабжение топливом и продовольствием, пребывание команд на берегу и т. д. Разумеется, не королева этим занималась, но ведь афинские чиновники отлично знали о знакомствах русского адмирала...