Однако он показал себя не только натуралистом, проявив благородство, силу духа, гуманизм. В экспедицию к горным папуасам, славящихся жестокостью и людоедством, отправился без вооружённого конвоя. Закончив путешествие, обратился к голландским властям с письмом, где описал тяжёлое положение жителей Папуа-Ковиай и предложил принять меры для восстановления здесь мира и спокойствия.
Он вновь обратил внимание на одну из очень важных и обычно непонимаемых закономерностей развития цивилизации: её прогрессивное развитие сопровождается целым рядом отрицательных явлений. Наиболее остро и явно это проявляется при контактах цивилизованных, более могущественных народов с представителями примитивных культур.
Миклухо-Маклай получил уникальную возможность сопоставить образ жизни и духовный уровень папуасов восточного побережья Новой Гвинеи (Берега Маклая), находящихся на стадии каменного века, с антропологически подобными им папуасами западного побережья (Папуа-Ковиай), давно уже знакомых с металлами, железом и железными орудиями, с одеждой, золотыми украшениями и огнестрельным оружием.
Сравнение оказалось далеко не в пользу тех, кто освоился с благами цивилизации и стал осуществлять право сильного. У них начались междоусобицы значительно более кровопролитные, чем прежде. Многие племена вынуждены были перейти к кочевому образу жизни (стать номадами). По словам Маклая:
Не правда ли, в перечне приведены характернейшие черты капиталистической цивилизации, вне зависимости от её азиатской или европейской принадлежности: начальство (радьи), торговцы, колониальные власти, миссионеры, огнестрельное оружие, наркотики, алкоголь... Что ещё? Ах, да, есть и другое: грамотность, газеты, цивильная одежда, комфорт, бытовая культура и техника, машины и прочие блага цивилизации. Но ведь всё самое отвратительное предлагает цивилизация покорённым народам, а всё наилучшее — сравнительно немногим, имущим власть и капиталы, а также их прислужникам.
Всё это не просто общие рассуждения, а выводы, основанные на научных наблюдениях. Его недоброжелатели были правы, отмечая, что он не ограничивался исключительно научными исследованиями, как подобает специалисту. Мол, если уж занимаешься губками, то и продолжай это дело, углубляй специализацию, пока не станешь всемирным известным знатоком губок или ещё чего-нибудь.
А он был прежде всего человеком, которому небезразлична судьба других людей, остро переживающим бесчеловечность и несправедливость. Вот его записи после посещения малайских деревень: