После окончания срока, в 2005 г. Иваньков был экстрадирован из США в Россию, где сразу же арестован по обвинению в убийстве в 1992 г. двух граждан Турции и покушении на убийство третьего.
18 июля 2005 г. Иваньков был оправдан судом присяжных, при этом случился скандал: исполняющий обязанности прокурора Москвы Владимир Бакун заявил, что 7 из 12 присяжных были якобы ранее судимыми, но Верховный суд РФ оставил приговор в силе.
28 июля 2009 г. в Москве на Вячеслава Иванькова было совершено покушение. Его обстреляли на выходе из ресторана, расположенного на Хорошевском шоссе. По информации источников РИА «Новости» в правоохранительных органах Москвы, неизвестные стреляли в Иванькова из двух снайперских винтовок «СВД» с оптическим прицелом. Киллер стрелял в него из «Газели», припаркованной в 40 м от ресторана. Иванькова отвезли в расположенную неподалеку Боткинскую больницу, в реанимационном отделении которой он провел около месяца. Врачи оценили его состояние как крайне тяжелое. Пуля в пяти местах пробила тонкий кишечник. Было сделано несколько операций, но состояние потерпевшего только ухудшалось.
В ночь с 13 сентября 2009 г. на 14 сентября 2009 г. Вячеслав Иваньков пережил клиническую смерть. По словам врачей, у него произошла остановка сердца. Врачи клиники экстренно провели комплекс реанимационных мероприятий и «завели» сердце пациента. Но ранение вызвало развитие перитонита (гнойное воспаление брюшины), и Иванькову провели несколько так называемых чисток. Это тяжело переносимая процедура, во время которой врачи вручную вычищают брюшную полость от гнойных образований.
Когда состояние больного немного стабилизировалось, родственники приняли решение о его переводе на лечение в частную клинику при Онкологическом центре на Каширском шоссе. Здесь Иванькову пытались помочь, применяя новые методики лечения с использованием стволовых клеток. Одно время наметилась положительная динамика в лечении. Но в ночь на 8 октября состояние больного резко ухудшилось. У Вячеслава Иванькова снова стал развиваться перитонит. Кроме того, из-за сильного ослабления иммунитета возникло воспаление легких. Вячеслав Кириллович Иваньков скончался 9 октября 2009 г. в 3 часа ночи.
В связи с проведением судебно-медицинских экспертиз похороны Вячеслава Иванькова были перенесены с 11 октября на 13 октября 2009 г. Утром 13 октября в храме Воскресения Словущего на Ваганьковском кладбище, где состоялось погребение, началась церемония прощания с усопшим. Рядом с гробом стоял портрет В. Иванькова, несколько ведер с розами, а также находились 10 женщин и несколько мужчин. Доступ в церковь для желающих был ограничен, охрана пускала по 5–6 человек в минуту. У входа в церковь постоянно стояли около 30–40 крепкого вида мужчин с букетами цветов, преимущественно роз и гвоздик.
Как уже говорилось выше, смерть В. К. Иванькова вызвала огромный резонанс в обществе: возле храма находилась большая группа людей, журналисты крупных СМИ, фотокорреспонденты и телегруппы, но допуск на похороны был ограничен.
Несмотря на оцепление и препятствия со стороны сотрудников ЧОПа, агентства «РИА Новости», АП и Франс Пресс смогли сделать фотографии траурной церемонии. На похоронах присутствовало около 500 человек. На многочисленных венках, которые стояли у гроба, было написано: «От братвы из Кирова», «От братвы из Ярославля», «Любимому другу»…