Максимилиан всю жизнь очень хорошо относился к сестре и исполнял по возможности каждое ее желание. Он всегда оказывал содействие и зятю Альбрехту, хотя именно из-за него оказался втянут в одну из самых кровавых войн в своей жизни. Альбрехт старался завоевывать земли, Где только мог. Поэтому он сразу оказался в нужном месте, когда в 1503 г. внезапно умер Георг Богатый, правитель Нижней Баварии и Ландсхута, поскольку по семейному договору именно его назначили официальным наследником Георга. Но отношения между Георгом и Альбрехтом были не из лучших, поэтому незадолго до своей смерти Георг объявил все договоренности недействительными и сделал наследником зятя Рупрехта Пфальцского, мужа единственной дочери Элизабет. Рупрехт, подозрительный тип — до недавнего времени он владел лишь епископством во Фрайзинге, — быстро, насколько возможно, вступил во владение баварским Ландсхутом от имени супруги. При этом начинании он не принял в расчет Альбрехта IV, недаром носящего прозвище Мудрый. Тот привел аргумент: порядок наследования по женской линии, даже не напрямую, как в случае с Ландсхутом, нарушает существующие немецкие законы. Каждый настаивал на своей точке зрения, и даже Максимилиану не удалось развести спорящие стороны. Произошло неизбежное. Тяжеловооруженные войска встали друг против друга в Нижней Баварии, завели жестокий бой и почти избавили страну от друзей и от врагов. Великий Гетц фон Берлихинген тоже попал в водоворот боя. При Ландсхуте он потерял руку, и ее пришлось заменить на железную.
Максимилиан объявил Рупрехта вне закона, из-за чего тот оставался «навеки бесправным и неправым» и исключался из правового сообщества империи. Из-за такой санкции вновь разгорелась война. На Дунае и в Верхнем Пфальце не осталось почти ни одной области, которую пощадила бы война. Бои начались и в Иннтале, так как эта местность принадлежала Нижней Баварии. Военная удача склонялась то на одну, то на другую сторону, поэтому курфюрст Пфальца Филипп тоже вступил в войну, надеясь принять участие в дележе общей добычи. Он основательно обманулся и даже рисковал потерять титул курфюрста, Максимилиан намеревался передать его в Тироль. Даже полностью опустошив страну, никто из противников не хотел уступать. Наоборот, Пфальц обратился за помощью к Богемии и вместе с богемским войском выступил в сентябре 1504 г. в Венценбахе близ Регенсбурга против Максимилиана и его людей. Здесь разыгралась кровопролитная битва. Максимилиана выбили из седла, он упал и, наверное, лишился бы жизни, если бы друг не помог ему подняться. Он яростно бился, собственноручно закалывал врагов, приближавшихся к Максимилиану, и сражался как неистовый. Когда день подошел к концу, богемцам не осталось ничего другого, как обратиться в бегство. Повсюду разнеслась весть о героической битве немецкого короля.
Кто в действительности извлек из этой войны выгоду, так это Альбрехт IV: он наконец смог собрать под свое правление баварские земли. Но и Максимилиан не ушел с пустыми руками, ему досталась часть Тироля, прежде принадлежавшая Баварии: Куфштейн, Раттенберг, Китцбюель и Циллерталь, а также область вокруг Мондзее. Когда Альбрехт IV внезапно скончался 18 марта 1508 г., выяснилось следующее: незадолго до смерти ой узаконил порядок наследования, согласно которому все владения должен наследовать старший сын. Кунигунда, мать двоих младших сыновей, испугалась возможных больших семейных раздоров из-за этого. Поэтому она обратилась к брату с просьбой внести изменения в данный порядок. Максимилиан, убежденный аргументами сестры, удовлетворил ее просьбу, не вызвав при этом возражений со стороны баварского дома. Но право Первородства, как задумал Альбрехт IV, осуществилось само собой: младший сын Кунигунды принял церковный сан, а средний сын, Людвиг, умер бездетным.
В последнее время, когда Максимилиан еще находился в Нидерландах, главной проблемой для него оставалась та же, что отягощала и его старого отца: господство Матгиаша Корвина над Веной и Нижней Австрией. С детскйх лет у него остался горький опыт, связанный с этим человеком, чья длинная тень преследовала его в течение долгих лет даже в самых отдаленных областях империи. Он прекрасно сознавал: необходимо добиться окончательного решения — или навсегда отказаться от своих земель на востоке. Венгры распространились по Нижней Австрии, они заняли даже крепость Нейштадт в Вене, и казалось, это положение сохранился на вечные времена. Максимилиан уже давно перешел бы к действиям, если бы не постоянная нехватка денег. Он, хорошо зная противника, считал невозможным собрать войско, способное добиться успеха, без соответствующих финансовых средств. Король все мог себе позволить, только не поражение от столь опасного врага.