Бой в составе крупных формирований допускался только в тех случаях, когда не было другого выхода. Тогда «лесные братья» сражались с исключительным упорством. Например, в 1945 г. две дивизии НКВД вышли на группировку партизан численностью около 800 человек и навязали им позиционный оборонительный бой. О его характере говорят цифры: потеряв примерно 150 своих бойцов, партизаны вывели из строя около 800 противников. У партизан существовало жесткое правило, заключавшееся в том, чтобы ни при каких обстоятельствах не сдаваться в плен и не подвергать тем самым угрозе безопасность своего отряда и своей семьи. Поэтому даже в безвыходных ситуациях они оказывали ожесточенное сопротивление, а при реальной опасности пленения стрелялись либо подрывали себя гранатой так, чтобы изуродовать лицо и тем самым затруднить опознание. Следует также сказать, что безжалостность к себе они распространяли и на противника. Поэтому советские воины, боровшиеся с повстанцами в Литве, в критических ситуациях тоже предпочитали смерть пленению.
Вооруженное сопротивление в Литве в течение всего времени отличалось большой автономией различных его отрядов, их независимостью от руководящего центра. Возможно, это играло отрицательную роль в плане согласования усилий и маневрирования наличными силами боевиков в масштабе республики. Но в то же время разобщенность понижала уязвимость отдельных очагов сопротивления, и возможность поражения движения в целом путем ликвидации его центральных структур. Децентрализация стала особенностью прибалтийского партизанства вообще, а отсутствие единого руководства компенсировалось жесткой дисциплиной на локальном уровне (обусловленной самим статусом партизан, вынужденных долгие годы существовать и действовать в условиях плотного окружения).
То, что фактически сложившаяся децентрализация себя оправдывает, подтвердил следующий эпизод. Руководство ЛЛА создало учебный центр для подготовки младших командиров. Выпуск в 1947 г. первого набора курсантов, прошедших обучение по единым программам, позволил бы придать сопротивлению более унифицированный и скоординированный характер. Однако вскоре после создания центр был обнаружен и уничтожен. По оценке командования Армии сопротивления, ущерб от его потери превысил ожидавшиеся выгоды. В дальнейшем к идее централизованной подготовки кадров больше не возвращались.
Нормальная численность каждого партизанского отряда, действовавшего в одном и том же районе, не превышала 6-10 человек. Это крайне затрудняло действия войск НКВД. В подобных условиях их главной задачей становилось обнаружение стоянок, лагерей, бункеров, складов и других точек привязки партизан. Однако и в случае обнаружения столь малочисленные группы довольно легко уходили из-под массированных ударов. Требовалось использовать различные приемы военной хитрости, чтобы заманить их в удобное для окружения место. Когда это удавалось, исход боя оказывался предрешен.
Определенный перелом в борьбе с повстанцами наметился тогда, когда стало ясно, что нельзя ограничиваться только военными действиями против них. В войсках НКВД создали специальный отдел, занимавшийся организацией борьбы с партизанами силами местной самообороны. Он готовил тайную агентуру, вел антипартизанскую пропаганду, распускал ложные слухи, провоцировал повстанцев на заведомо обреченные акции и т.п. Но особенно значительный военный, политический и социально-психологический эффект дало создание ложных партизанских отрядов. Ими являлись специально подготовленные подразделения НКВД. Ради завоевания доверия местного населения они даже проводили акции вполне антисоветского свойства, после чего искали выходы на вооруженное подполье. Подобная схема внедрения позволяла наводить войска НКВД на выявленные повстанческие группы, а также устанавливать связанных с ними местных жителей. Сами партизаны считали данный метод самым опасным для себя, так как он был основан на их естественной зависимости от населения в вопросах снабжения, разведки, связи.
Самый тяжелый удар повстанческому движению был нанесен тогда, когда советским властям все же удалось завершить коллективизацию и поставить под свой контроль ресурсы села. В сочетании с военными поражениями, неблагоприятным развитием международной обстановки и амнистией 1955 г. это заставило прекратить вооруженную борьбу. Она уступила место более изощренному противодействию, значительный потенциал которого в полной мере стал ясен только после развала СССР.