В статье «Нужно ли сечь детей?» (1858) Пирогов горячо доказывал, что применение розог антипедагогично, что телесные наказания уничтожают в ребенке стыд, развращают детей и должны быть отменены. Но русскому обществу этот взгляд казался слишком радикальным. Это побуждает Пирогова к сдержанности. В циркуляре по Киевскому учебному округу «Основные начала правил о поступках и наказаниях учеников гимназий Киевского учебного округа» (1859), принципиально отвергая розгу, Пирогов, тем не менее, считает невозможным полностью обойтись без нее и лишь советует применять ее в гимназиях нечасто и в каждом отдельном случае – лишь по постановлению педагогического совета.
Н. А. Добролюбов язвительно высмеял этот циркуляр в стихотворении «Грустная дума гимназиста лютеранского исповедания и не киевского округа» (1860):
Это стихотворение, в свою очередь, вызвало оживленную полемику. Либеральный школьный устав 1864 г. декларировал всесословность образования, расширил права педагогических советов и преподавателей при выборе учебных программ и отменил телесные наказания. Важным достижением стало появление частных школ и гимназий, которые были гораздо свободнее и более гибкие, чем государственные. Лучшие частные гимназии, вроде знаменитой петербургской гимназии Карла Ивановича Мая (1820–1895), работавшей по принципу Яна Амоса Коменского «Сперва любить – потом учить» и уважавшей индивидуальность своих учащихся, и московской гимназии Л. И. Поливанова, «становились настоящими оазисами гуманизма в пустыне официальной авторитарной педагогики того времени» (История педагогики, 2007).