В первые века христианства каменоломни близ крепости служили местом ссылки христиан, благодаря чему они сделались центром миссионерской деятельности крымских христиан. Сильные успехи эта деятельность приняла с высылкой сюда имп. Траяном в 96 г. первого папы Климента I, которому приписывают устройство в скале пещерной церкви. Впрочем мраморные каменоломни, в которые был сослан Климент, помещают также, и с большей вероятностью, не в Инкермане, а к западу от Севастополя, близ Казачьей бухты с ее островами. За свою энергичную деятельность, проявившуюся между прочим в постройке 75 церквей в Херсонесской земле, Климент по приказу имп. Траяна около 103 г. был вывезен в море и утоплен с якорем на шее. «Легенда, проникшая и в наши былины, передает, что море вдруг отступило и прошедшие посуху ученики Климента нашли скалу, подобную храму, и в ней мощи святого. Море отступало от этой скалы ежегодно в день смерти святого. Об этой церкви упоминает писатель XIII в. Рубруквис: «Мы видели в стране Хазарии, имеющей форму треугольника, город Херсон, где св. Климент был замучен, а проплыв мимо города, видели остров, где стоит церковь, построенная будто бы руками ангелов…»
Согласно Тунману, автору главы о Крыме в знаменитом землеописании Бюшинга конца XVIII в., на месте Инкерманского укрепления полководец Митридата Диафант заложил город, который назывался сначала Евпаторией, потом – Дорос или Дори, а позднее, в генуэзских летописях XIV в. он именуется Теодоро. В настоящее время однако название Теодоро или Лотедоро относят к Мангупу, а Инкерман отожествляют с городом Каламитой, Севастопольский же рейд соответствует части Каламитского залива. В VII в. в Инкерман был заточен другой папа, Мартин. В конце IX в. Херсонес посетил св. Кирилл или Константин Философ (первоучитель славян), чудесно нашедший здесь мощи св. Климента и перевезший их в Рим. Предполагают, что местом обретения мощей был островок в Казачьей бухте в 12 вер. от Херсонеса. Раскопки 1890 г. обнаружили здесь остатки небольшой церкви. В 1475 г. крепость перешла во владение турок, которые перестроили ее и держали здесь свой гарнизон. От них же крепость получила свое название Инкерман (Ин – пещера и Керман или Кермен – крепость). В 1578 г. Мартин Броновий упоминает о греческих надписях и гербах греческих князей на воротах прекрасно построенного каменного замка. Он видел также две больших, вымощенных камнем дороги и много развалин загородных домов.
В 1793 г. Инкерман посетил Паллас, нашедший в нем несколько башен, уцелевшие местами крепостные стены, глубокий ров, широкую мощеную дорогу через долину, мост на 4 арках, 2 высеченные в скале лестницы, ведшие к укреплениям, и множество крипт. Некоторые пещеры служили церквами или часовнями. Одна из церквей, по его словам, была расписана живописью, в других были иссечены гробницы. В настоящее время остатков древностей сохранилось значительно меньше, так как камни развалин служили материалом для построек Севастополя. Множество пещер, частью разрушившихся от времени и отломки здесь камня, находятся на конечных скалах меловых гряд по обе стороны реки и особенно обильно унизывают с западной и южной стороне две последних скалы по правому берегу реки.
Близ этих скал у полотна железной дороги находится устроенный в 1850 г. арх. Иннокентием монастырь или киновия во имя святых пап Климента и Мартина. В монастыре сохранились три пещерных церкви, расположенные рядом, из которых главная, во имя св. Климента – одна из самых больших пещерных церквей Крыма. Во всех церквах были найдены следы стенной живописи. Форма крестов, вырубленных над абсидой церкви св. Климента и над алтарем церкви св. Мартина, отличающаяся от употреблявшихся в Херсонесе, заставляет относить устройство церквей ко времени, когда Херсонес уже утратил свое первенствующее значение, т. е. к XIV–XV вв. Церкви сообщаются между собою при помощи выдолбленных в скалах коридоров и лестниц, ведущих также к нескольким пещерным кельям и двум пещерам, служившим усыпальницами, где найдено много костей. По западному обрыву той же скалы, среди множества обвалившихся пещер, расположенных в несколько ярусов, найдены еще 4 церкви, хорошо сохранившая благодаря трудности восхождения к ним следы стенной живописи.