На правой стороне Днепра также происходила в это время постоянная смена гетманов. Один из них – Петр Дорошенко – предложил турецкому султану Магомету IV подчинить Малороссию на условиях вассального государства. Это вызвало войну России и Польши с Турцией. По Бахчисарайскому миру в 1681 г. правый берег Днепра утвердился за Турцией, а левый – за Россией. Левобережная Украина была признана за Москвой также на вечном мире России с Польшей в 1686 г. Новая попытка образовать из Малороссии автономное государство была сделана преемником Самойловича – Мазепой. Задумав отделение от России, Мазепа вел тайные переговоры с польским королем Станиславом Лещинским, а в 1708 г., когда шведский король Карл XII вступил в пределы Малороссии, – передался ему. Благодаря энергичным мерам Меньшикова, за Мазепой последовало, однако, очень немного казаков. После Полтавской победы в 1709 г. Петр Великий принял решительные меры, чтобы обеспечить себя от двуличной политики гетманов, которая едва не привела к печальному исходу войну со шведами. Гетманское управление было подчинено контролю, для чего при преемнике Мазепы Скоропадском был назначен особый чиновник. Кроме того, важное значение, получила генеральная войсковая канцелярия, которая представляла собой всегда послушное орудие в руках правительства. Наконец, верховное управление по делам малороссийским было передано особой Малороссийской коллегии.
После смерти Скоропадского временно гетманские обязанности исправлял Полуботок. Вскоре он вызвал неудовольствие Петра и был заключен в Петропавловскую крепость. С тех пор до Петра II управление сосредотачивалось в Малороссийской коллегии. Подчиняя управление Малороссией центральному правительству, Петр Великий и в других отношениях старался поставить край в одинаковые условия с остальными областями России. С целью уравнения малорусского казачества с прочим населением, Петр Великий поселял среди малорусов пришлый, чуждый им элемент. Так, в 1711 г. близ Харькова были отведены земли молдаванам, пришедшим с князем Кантемиром, в 1723 г. были поселены близ Тора сербы, наконец, земли по Айдару (Старобельский у.) были отданы острогожским казакам.
При Петре II была уничтожена Малороссийская коллегия, и управление перешло ко вновь избранному гетману Даниилу Апостолу. Вместе с тем был проведен ряд реформ: казаки получали подтверждение прежних вольностей, было произведено следствие о местностях, составлен «сборник прав, по которым судится малорусский народ», переведено на русский язык магдебургское право. Реформы эти, однако, не могли воскресить прежней Малороссии, тем более что они сопровождались мерами совершенно противоположными, а именно широкой раздачей земель русским вельможам. Последние привозили с собой из центральных великорусских местностей своих крестьян, с которыми постепенно и уравнивалось малороссийское население.
При имп. Анне Ивановне в 1733 г. было приступлено к постройке Украинской линии, прошедшей по южной части Харьковской и Полтавской губерний (Изюмский, Змиевский, Константиноградский, Валковский и Кобеляцкий уезды). К постройке этой линии казаки были привлечены наравне с крестьянами, причем были обложены тяжелыми повинностями. Новая линия была заселена военными поселянами из однодворцев, называвшимися ландмилиционерами. После Апостола управление Малороссией сосредотачивалось в руках «правления гетманского уряда», состоявшего из 6 членов – трех великорусов и трех малорусов. При Елисавете Петровне описываемыми тремя губерниями некоторое время управляла войсковая генеральная канцелярия, а в 1750 г. под давлением правительства, был выбран гетманом Кир. Григ. Разумовский. Новый гетман щедро раздавал малороссийские земли «в вечное и потомственное свое и наследников своих владение», а в 1760 г. затруднил переход крестьян от одних владельцев к другим. Имп. Екатерина II решительно высказалась против малороссийских «конфирмованных привилегий».