С 1268 года архипелаг принадлежал сицилийскому королю Карлу I Анжуйскому, затем находился под контролем испанцев – арагонских и кастильских правителей. Официально Мальта не входила в состав Сицилийского королевства, и островами долгое время распоряжались феодалы. Последним из них был некий Гонсальво Монрой, свергнутый и затем изгнанный восставшими островитянами. Конфликт разрешился в 1398 году, когда обиженный наместник принял от жителей Мальты 30 тысяч флоринов, а король Альфонс V Арагонский, не желая кровопролития, согласился присоединить острова к своим владениям. Тогда же старая столица получила европейское название Мдина.
Вплоть до прихода иоаннитов Мальта управлялась сицилийскими правителями, жила по законам Сицилии и развивалась одновременно с ней. Население архипелага относило себя к сицилийскому народу, отчего не осознавало своей самобытности. В немалой степени тому способствовала эмиграция: страх нападения мусульман заставлял покидать Мальту и спасаться на Сицилии.
Несмотря на легкость передвижения, эмигранты встречались с немалыми трудностями, ведь на архипелаге оставались родственники и друзья. Преодолев жизненные перипетии, большинство из тех, кто решился покинуть родину, вскоре возвращались за семьями, поскольку устраивались на новом месте гораздо лучше, чем на Мальте.
В пору позднего Средневековья отток населения настолько увеличился, что однажды всем сицилийским мальтийцам был отдан приказ вернуться на острова. Вместе с переселенцами на Мальту попадали рабы; ими становились военнопленные и жертвы пиратских налетов, которые с одобрения мальтийских правителей совершались у берегов Африки. Невольники работали гребцами на галерах, строили дворцы, прислуживали местным богачам, но, несмотря на полное бесправие, не могли пожаловаться на невыносимую жизнь. На Мальте рабам разрешалось трудиться за плату и копить деньги на выкуп. Если бывший раб принимал христианство, то власти позволяли ему жениться на местной девушке и таким образом стать полноправным членом общества.
В рыцарские времена некоторые мальтийские интеллигенты уезжали на учебу в Италию, где оставались навсегда. В XVII веке именно так поступил способный композитор Джероламо Абос. Сумев прижиться в Неаполе, он не только проникся итальянской культурой, но и прославил новую родину великолепными произведениями. Подобные настроения отнюдь не способствовали прочности рыцарской власти, поэтому орден эмиграцию не поощрял.
Оказавшись на Мальте, иноземцы не хотели существовать обособленно и всячески стремились к слиянию с местным населением. В свое время примером тому послужили беженцы-греки с Родоса, прибывшие на Мальту вместе с иоаннитами. Более 5 тысяч эмигрантов с семьями обосновались в небольшом городке Биргу, где открыли для себя и единоверцев из Витториозо три приходские церкви. С конца XVI века греки не нуждались в отдельных церквях. Необходимость в них отпала после того, как главный приход, посвященный Богоматери Дамасской, переместился в Валлетту и оставшиеся храмы перестали существовать в прежнем качестве.
Сменилось не одно поколение, прежде чем жители архипелага осознали свою уникальность. Став окраиной норманнского государства, Мальта разделила его сложную историческую судьбу. Средневековое искусство островной страны явилось слабым отголоском богатой художественной культуры Сицилии. Построенные германцами романские замки и готические храмы слишком сильно изменились после многочисленных перестроек. Вместе со стенами бесследно исчезли украшавшие их статуи, росписи, мозаики.
К счастью, сохранились отдельные сооружения Позднего Ренессанса: дворцы Фальцон и Гатто Мурина в Мдине, жилые дома в Витториозо, мрачный палаццо Бонди на Гоцо, жилая часть крепости Сан-Анжело, приходская церковь в Зейтуне.
Средневековый облик всех этих строений во многом определяют так называемые сицилийско-норманнские окна, разделенные надвое стройной колонкой и украшенные пышной резьбой. Благодаря норманнам в речи островитян прижился сицилийский диалект, объявленный официальным языком Мальты наравне с латынью. Его своеобразное употребление определяла тесная связь с Сицилией, где для общения и письма использовался тосканский вариант итальянского языка. Сформировавшийся только к середине XVI века, он не замедлил проникнуть на Мальту, но здесь его употребляла лишь культурная часть населения, тогда как жители деревень и малых островов разговаривали на мальтийском.